在具體實務(wù)中，房地產(chǎn)企業(yè)通常容易將房地產(chǎn)開發(fā)費用與房地產(chǎn)開發(fā)間接費用相互混淆，從而帶來稅收上的風險。
一、房地產(chǎn)開發(fā)間接費用的組成
房地產(chǎn)企業(yè)開發(fā)的商品房屬于存貨范疇，并且房地產(chǎn)企業(yè)開發(fā)商品房要達到預(yù)定可使用或者可銷售狀態(tài)，一般都要經(jīng)過一年以上時間，所以，對房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)為開發(fā)商品房而發(fā)生的借款費用一般應(yīng)當予以資本化。根據(jù)相關(guān)性原則，對于多個成本核算對象發(fā)生的借款費用，還應(yīng)當按照一定的標準在不同成本核算對象中進行分攤。
原有會計制度中，對于企業(yè)為生產(chǎn)存貨而發(fā)生的借款費用，不論該貨物生產(chǎn)時間是否超過一年以上，借款費用均計入“財務(wù)費用”科目。而《土地增值稅暫行條例》的出臺也是以原有會計制度為背景，這從該《條例》中有關(guān)“財務(wù)費用科目中的利息支出”的表述中就可以看出。“財務(wù)費用”科目正是依據(jù)當初會計制度應(yīng)當計入的會計科目（現(xiàn)行會計制度所發(fā)生的借款費用是計入“開發(fā)成本”或“開發(fā)間接費用”科目）。對于生產(chǎn)存貨發(fā)生的借款費用予以資本化是后期會計政策的調(diào)整，而會計政策的調(diào)整并非意味著土地增值稅政策也應(yīng)當隨之調(diào)整。根據(jù)土地增值稅政策，除利息支出外的其他開發(fā)費用按照土地和開發(fā)成本兩項之和的5%以內(nèi)計算扣除。而除利息支出外的其他開發(fā)費用包括了除利息支出以外的借款費用、管理費用和銷售費用。所以，在現(xiàn)行會計制度下，借款費用雖然應(yīng)當計入房地產(chǎn)開發(fā)成本，但在土地增值稅清算時應(yīng)當進行納稅調(diào)整。
房地產(chǎn)企業(yè)延期還貸所支付的利息以及銀行罰息雖然不屬于行政性罰款，但根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》（財稅字[1995]48號）第八條第二款，對于超過貸款期限的利息部分以及加罰的利息不允許在土地增值稅前扣除。
借款費用的企業(yè)所得稅稅前扣除上，在《房地產(chǎn)開發(fā)經(jīng)營業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅處理辦法》列舉的開發(fā)間接費用中并未提到借款費用。這是否意味著借款費用就不能計入開發(fā)間接費予以稅前扣除？其實未必。首先，《房地產(chǎn)開發(fā)經(jīng)營業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅處理辦法》中列舉的是開發(fā)間接費用僅是主要內(nèi)容，而并非窮盡了所有。其次，根據(jù)《企業(yè)所得稅法實施條例》第三十七條的規(guī)定，企業(yè)在生產(chǎn)經(jīng)營活動中發(fā)生的合理的不需要資本化的借款費用，準予扣除；企業(yè)為購置、建造固定資產(chǎn)、無形資產(chǎn)和經(jīng)過12個月以上的建造才能達到預(yù)定可銷售狀態(tài)的存貨發(fā)生借款的，在有關(guān)資產(chǎn)購置、建造期間發(fā)生的合理的借款費用，應(yīng)當作為資本性支出計入有關(guān)資產(chǎn)的成本，并依照規(guī)定扣除。可見，《企業(yè)所得稅法實施條例》繼新企業(yè)會計準則出臺之后，為了減少與會計之間的差異而吸納了新企業(yè)會計準則對借款費用資本化的規(guī)定。只不過企業(yè)所得稅法中將會計準則中的“經(jīng)過相當長時間”進行了具體細化，細化到12個月以上，以便于實務(wù)操作。另外，對房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)向非金融企業(yè)借款的利息支出，超過按照金融企業(yè)同期同類貸款利率計算的數(shù)額的部分，應(yīng)當進行納稅調(diào)整；對于超過貸款期限的利息部分以及加罰的利息均允許在企業(yè)所得稅前扣除。
二、房地產(chǎn)開發(fā)間接費用的分攤
如果房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)僅開發(fā)一個項目或是僅有一個成本對象，則開發(fā)間接費用屬于能夠直接計入成本對象的成本，可以視同建筑安裝費用按照單位面積成本在完工開發(fā)產(chǎn)品與未完工開發(fā)產(chǎn)品之間進行分配。如果房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)開發(fā)多個項目或有多個成本對象，則開發(fā)間接費用就需要在完工開發(fā)對象與未完工開發(fā)對象之間進行分配。房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)應(yīng)于每月終了對開發(fā)間接費用進行分配，并計入有關(guān)開發(fā)產(chǎn)品的成本。但對借款費用分配方法的選擇上，《房地產(chǎn)開發(fā)經(jīng)營業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅處理辦法》第三十條明確規(guī)定：借款費用屬于不同成本對象共同負擔的，只能選擇按直接成本法或預(yù)算造價法進行分配。
三、房地產(chǎn)開發(fā)間接費用的處理
房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)在確定成本核算對象為兩個以上的情況下，應(yīng)當將“開發(fā)間接費用”作為一級會計科目設(shè)置。開發(fā)間接費用雖也屬于直接為房地產(chǎn)開發(fā)而發(fā)生的成本，但由于不能清晰地歸入某個成本對象，因而需要將“開發(fā)間接費用”作為過渡會計科目。即房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)發(fā)生的開發(fā)間接費用應(yīng)先記入“開發(fā)間接費用”科目，然后按照適當分配標準，將它分配記入各個成本對象下的“開發(fā)成本—開發(fā)間接費用”二級科目，期末“開發(fā)間接費用”科目無余額。只有一個成本核算對象而發(fā)生的開發(fā)間接費用，則直接記入“開發(fā)成本—開發(fā)間接費用”科目。開發(fā)間接費用的總分類核算在“開發(fā)間接費用”賬戶進行，企業(yè)所屬各內(nèi)部獨立核算單位發(fā)生的各項開發(fā)間接費用，都要自“應(yīng)付工資”、“應(yīng)付福利費”、“累計折舊”、“遞延資產(chǎn)”、“銀行存款”、“周轉(zhuǎn)房——周轉(zhuǎn)房攤銷”等賬戶的貸方轉(zhuǎn)入“開發(fā)間接費用”賬戶的借方。
舉例：某房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)的內(nèi)部獨立核算單位在2011年5月份共發(fā)生開發(fā)間接費用41 600元，發(fā)生時的會計分錄如下：
借：開發(fā)間接費用 41 600
貸：銀行存款（或應(yīng)付工資等） 41 600
該房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)當月各成本對象實際發(fā)生的直接成本520 000元，確定的成本對象為三個，其中：商品房A直接成本為200 000元，商品房B的直接成本為240 000元，配套設(shè)施直接成本為80 000元。假設(shè)間接費用采取直接成本法分攤，由此計算5月份各成本對象應(yīng)分配的開發(fā)間接費：
商品房A：41 600×200 000÷520 000＝16 000（元）；
商品房B：41 600×240 000÷520 000＝19 200（元）；
配套設(shè)施：41 600×80 000÷520 000＝6 400（元）。
具體會計分錄如下：
借：開發(fā)成本——房屋開發(fā)成本A 16 000
開發(fā)成本——房屋開發(fā)成本B 19 200
開發(fā)成本——配套設(shè)施開發(fā)成本 6 400
貸：開發(fā)間接費用 41 600