企業(yè)發(fā)生的職工福利費，應該單獨設置賬冊，進行準確核算。沒有單獨設置賬冊準確核算的，稅務機關應責令企業(yè)在規(guī)定的期限內(nèi)進行改正。逾期仍未改正的，稅務機關可對企業(yè)發(fā)生的職工福利費進行合理的核定。
根據(jù)《財政部關于企業(yè)加強職工福利費財務管理的通知》（財企[2009]242號）的規(guī)定，稅法和會計對職工福利費支出的差異分析：
1.“職工福利費”財稅處理的相同點
財企[2009]242號文作為加強和明確職工福利費的財務管理規(guī)范性文件，較國稅函[2009]3號文規(guī)范的職工福利費稅前扣除規(guī)定，在內(nèi)容、范圍上更加具體、明確和全面，相同之處主要表現(xiàn)在下列項目的財稅處理均屬于“職工福利費”的范疇，具體有：
（1）企業(yè)內(nèi)設集體福利部門及其支出。內(nèi)設福利部門包括職工食堂、職工浴室、理發(fā)室、醫(yī)務所、托兒所、療養(yǎng)院等部門；支出內(nèi)容包括集體福利部門的設備、設施及維修保養(yǎng)費用和福利部門工作人員的工資薪金、社會保險費、住房公積金、勞務費等人工費用。
（2）為職工衛(wèi)生保健、生活等所發(fā)放的各項補貼和非貨幣性福利。
包括企業(yè)向職工發(fā)放的因公外地就醫(yī)費用、未實行醫(yī)療統(tǒng)籌企業(yè)職工醫(yī)療費用、職工供養(yǎng)直系親屬醫(yī)療補貼、供暖費補貼、職工防暑降溫費、職工困難補貼、救濟費、職工食堂經(jīng)費補貼等。
企業(yè)為職工發(fā)放的節(jié)日補助、未統(tǒng)一供餐而按月發(fā)放的每人有份的午餐費補貼，按財務與稅法規(guī)定均應當納入工資總額管理，不屬于職工福利費的核算范疇。
（3）未實行貨幣化改革的企業(yè)為職工提供的交通待遇（如職工班車），其相關支出的財稅處理均作為職工福利費管理。
（4）按規(guī)定發(fā)生的其他職工福利費，包括喪葬補助費、撫恤費、職工異地安家費、探親假路費、獨生子女費等。
（5）以本企業(yè)產(chǎn)品和服務作為職工福利的財稅處理的統(tǒng)一。財企[2009]242號規(guī)定：對以本企業(yè)產(chǎn)品和服務作為職工福利的，企業(yè)要嚴格控制。國家出資的電信、電力、交通、熱力、供水、燃氣等企業(yè)，將本企業(yè)產(chǎn)品和服務作為職工福利的，應當按商業(yè)化原則實行公平交易，不得直接供職工及其親屬免費或者低價使用。《企業(yè)會計準則第9號——職工薪酬》應用指南“關于職工薪酬的確認與計量”規(guī)定：企業(yè)以其自產(chǎn)產(chǎn)品作為非貨幣性福利發(fā)放給職工的，應當根據(jù)受益對象，按照產(chǎn)品的公允價值，計入相關資產(chǎn)成本或當期損益，同時確認應付職工薪酬�？梢�，財務上應按產(chǎn)品或服務的“公允價值”作銷售處理�！镀髽I(yè)所得稅法實施條例》第二十五條規(guī)定，企業(yè)將貨物、財產(chǎn)、勞務用于捐贈、償債、贊助、集資、廣告、樣品、職工福利或者利潤分配等用途的，應當視同銷售貨物、轉讓財產(chǎn)或者提供勞務，但國務院財政、稅務主管部門另有規(guī)定的除外。由此，稅務處理上也應作“視同銷售”處理。
（6）財務規(guī)定強調(diào)應當由個人承擔的有關支出，企業(yè)不得作為職工福利費開支�！镀髽I(yè)財務通則》第四十六條規(guī)定企業(yè)不得承擔屬于個人的下列支出：娛樂、健身、旅游、招待、購物、饋贈等支出；購買商業(yè)保險、證券、股權、收藏品等支出；個人行為導致的罰款、賠償?shù)戎С觯毁徺I住房、支付物業(yè)管理費等支出；應由個人承擔的其他支出。
由個人承擔的支出稅法當然不允許稅前扣除的。
2.職工福利費財稅處理差異分析
財企[2009]242號規(guī)范的企業(yè)職工福利費有關財務規(guī)定（以下簡稱“財務規(guī)定”），較國稅函[2009]3號文規(guī)范的稅前扣除政策（以下簡稱“稅法規(guī)定”）在內(nèi)容、范圍上的差異主要表現(xiàn)在：
（1）企業(yè)內(nèi)設集體福利部門的差異。企業(yè)尚未分離的內(nèi)設集體福利部門，財務規(guī)定明確將“職工集體宿舍”作為集體福利部門；而稅法規(guī)定則不包括。
稅法雖未提及“職工集體宿舍”但我認為可作為國稅函[2009]3號第三條第二款的“為職工衛(wèi)生保健、生活、住房、交通等所發(fā)放的各項補貼和非貨幣性福利”，作為職工福利費支出。
（2）離退休人員統(tǒng)籌外費用，財務規(guī)定明確在職工福利費中核算。企業(yè)重組涉及的離退休人員統(tǒng)籌外費用，按照《財政部關于企業(yè)重組有關職工安置費用財務管理問題的通知》（財企[2009]117號）規(guī)定應從重組企業(yè)凈資產(chǎn)中預提；而稅法規(guī)定的福利費不包括離退休人員統(tǒng)籌外費用，重組企業(yè)發(fā)生的相關費用應從重組清算所得中“據(jù)實”扣除。
（3）企業(yè)為職工提供的交通、住房、通訊待遇的差異。財務規(guī)定：已實行貨幣化改革，按月按標準發(fā)放或支付的住房補貼、交通補貼或者車改補貼、通訊補貼，應當納入職工工資總額，不再納入職工福利費管理；尚未實行貨幣化改革的，企業(yè)發(fā)生的相關支出作為職工福利費管理，但根據(jù)國家有關企業(yè)住房制度改革政策的統(tǒng)一規(guī)定，不得再為職工購建住房。而稅法規(guī)定將通訊補貼排除在職工福利費范圍之外，并且不區(qū)分是否實行貨幣化改革，將企業(yè)為職工住房、交通等所發(fā)放的各項補貼和非貨幣性福利，作為職工福利費處理。
財企[2009]242號文件還規(guī)定在計算應納稅所得額時，企業(yè)職工福利費財務管理同稅收法律、行政法規(guī)的規(guī)定不一致的，應當依照稅收法律、行政法規(guī)的規(guī)定計算納稅。
很明顯，《國家稅務總局關于企業(yè)工資薪金及職工福利費扣除問題的通知》與《財政部關于企業(yè)加強職工福利費財務管理的通知》相比，福利費的列支范圍縮小了很多，而且前者對福利費的列支范圍采取了列舉的辦法，但到底是屬于全部列舉還是部分列舉，并不明確（稅法尚有很多不明確的地方，如職工療養(yǎng)費、獨生子女費，財務管理列為職工福利費，稅法沒有提及）。建議，稅法對職工福利費的列支范圍須進一步明確，這樣企業(yè)和中介代理人員才能更好地進行納稅調(diào)整，做好企業(yè)所得稅匯算。
上述對職工工資和福利費的規(guī)定在會計處理和稅務處理上存在差異。由于這種差異，實踐中造成企業(yè)在進行企業(yè)所得稅匯算清繳時，要將一部分補貼從工資中調(diào)整到福利費中，這不但造成了很多企業(yè)福利費超標，而且還加大了匯算清繳的工作量。