企業(yè)所得稅法實施前的企業(yè)所得稅匯算清繳，一般都是納稅人將收入總額和扣除項目金額按照稅法的規(guī)定調整后，填制年度所得稅納稅申報表，連同財務決算報告一并在匯算清繳期內向主管稅務機關進行申報，結清應補、應退稅款即可。
而企業(yè)所得稅法實施后，企業(yè)所得稅匯算清繳將按照《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》和《特別納稅調整實施辦法（試行）》的規(guī)定操作，與以前有所不同，除報送年度所得稅納稅申報表和財務決算報告外，還要進行關聯申報和準備同期資料。在這兩個環(huán)節(jié)中，企業(yè)需要格外注意如下要點以減少失誤。
注意關聯申報的認定、時限與內容
關聯申報是稅務機關進行轉讓定價調查、審查關聯交易價格是否 合理、決定是否對應納稅款做出調整的重要依據，企業(yè)必須高度重視。
首先，企業(yè)要弄清交易雙方是否存在稅法規(guī)定上的關聯關系。在企業(yè)所得稅法實施條例中，提出了判斷是否存在關聯關系的3個條件，《特別納稅調整實施辦法（試行）》又將其擴展為8個條件。在操作中，企業(yè)應一一對照與其交易的一方是否存在稅法規(guī)定上的關聯關系，如果符合其中一個條件，就應該將與其發(fā)生的交易確定為關聯申報的內容，否則就不必進行關聯申報。
其次，企業(yè)需注意關聯申報的時間規(guī)定。根據企業(yè)所得稅法規(guī)定，企業(yè)在向稅務機關報送年度企業(yè)所得稅納稅申報表時，應該同時附送企業(yè)年度關聯業(yè)務往來報告表。也就是說，企業(yè)進行關聯申報的時間應該與辦理年度所得稅匯算清繳申報同時進行，即應該在年度終了后次年的5月31日前進行。
最后，企業(yè)應注意關聯申報的內容和申報方法。根據《特別納稅調 整實施辦法（試行）》規(guī)定，納稅人進行關聯申報的內容包括有形資產的購銷、轉讓和使用（房屋建筑物、交通工具、機器設備、工具、商品、產品等有形資產的購銷、轉讓和租賃）、無形資產的轉讓和使用（土地使用權、版權、著作權、專利、商標、客戶名單、營銷渠道、牌號、商業(yè)秘密和專有技術等特許權以及工業(yè)品外觀設計或實用新型等工業(yè)產權的所有權轉讓和使用權的提供）、融通資金情況（各類長短期資金拆借和擔保以及各類計息預付款和延期付款業(yè)務）以及提供勞務（市場調查、行銷、管理、行政事務、技術服務、維修、設計、咨詢、代理、科研、法律、會計事務）等情況。申報方法主要是將上述內容一一對應填入《關聯關系表》、《關聯交易匯總表》、《購銷表》、《勞務表》、《無形資產表》、《固定資產表》、《融通資金表》、《對外投資情況表》以及《對外支付款項情況表》等報表相應欄目，再與年度企業(yè)所得稅納稅申報表、財務決算報告一同報主管稅務機關。
注意準備同期資料的時限、內容與免除條件
同期資料與關聯申報密切相關，也是進行轉讓定價調查、審查關聯交易價格是否合理的依據，即有關聯申報業(yè)務的企業(yè)一般就應該準備同期資料，但它與關聯申報的要求有所不同。
首先，除另有規(guī)定外，同期資料亦應在關聯交易發(fā)生年度次年的5月31日前準備完畢，但不隨企業(yè)所得稅年度納稅申報表及關聯報告表同時報送，而只在稅務機關需要時提供。
其次，除另有規(guī)定外，年度發(fā)生的關聯購銷金額（來料加工業(yè)務按年度進出口報關價格計算）在2億元人民幣以下且其他關聯交易金額（關聯融通資金按利息收付金額計算）在4000萬元人民幣以下，或者關聯交易屬于執(zhí)行預約定價安排所涉及的范圍以及外資股份低于50％且僅與境內關聯方發(fā)生關聯交易的企業(yè)，可免于準備同期資料。
再次，企業(yè)需準備的同期資料， 主要包括5個方面內容：
一是組織結構情況。包括企業(yè)所屬的企業(yè)集團相關組織結構及股權結構、企業(yè)關聯關系的年度變化情況、與企業(yè)發(fā)生交易的關聯方信息、各關聯方適用的具有所得稅性質的稅種與稅率及相應可享受的稅收優(yōu)惠等。
二是生產經營情況。包括企業(yè)的業(yè)務概況、主營業(yè)務構成、所處的行業(yè)地位及相關市場競爭環(huán)境的分析、內部組織結構以及企業(yè)集團合并財務報表等。
三是關聯交易情況。包括關聯交易類型、參與方、時間、金額、結算貨幣、交易條件；關聯交易所采用的貿易方式、年度變化情況及其理由；關聯交易的業(yè)務流程；關聯交易所涉及的無形資產及其對定價的影響；與關聯交易相關的合同或協議副本及其履行情況的說明；對影響關聯交易定價的主要經濟和法律因素的分析；以及關聯交易和非關聯交易的收入、成本、費用和利潤的劃分情況等。
四是可比性分析。包括可比性 分析所考慮的因素、可比交易的說明、可比數據的差異調整及理由以及可比信息來源選擇條件及理由等。
五是轉讓定價方法的選擇和使用情況。包括轉讓定價方法的選用及理由、可比信息如何支持所選用的轉讓定價方法、確定可比非關聯交易價格或利潤的過程中所做的假設和判斷、運用合理的轉讓定價方法和可比性分析結果、確定可比非關聯交易價格或利潤、遵循獨立交易原則的說明以及其他支持所選用轉讓定價方法的資料等。
最后，企業(yè)還應注意保存時間。同期資料必須注明資料來源及出處，加蓋單位公章，并由法定代表人或其授權的代表簽字或蓋章后，自關聯交易發(fā)生年度的次年6月1日起保存10年。
還需要注意的是，對于沒有按照規(guī)定進行關聯申報或者沒有按規(guī)定準備、提供、保管同期資料，致使稅務機關無法進行相關分析和調查的，主管稅務機關將依法核定其應納稅所得額，并依照征管法的有關規(guī)定對其進行處罰。