根據(jù)《國家稅務總局關于新版公路、內河貨物運輸業(yè)統(tǒng)一發(fā)票有關使用問題的通知》（國稅發(fā)[2007]101號）精神，受票方取得貨運發(fā)票后，發(fā)生開票有誤等情形但不符合作廢條件或者因運費部分退回需要開具紅字發(fā)票的，應由受票方向其主管稅務機關填報《開具紅字公路、內河貨物運輸業(yè)發(fā)票申請單》（以下簡稱《申請單》）。受票方主管稅務機關對《申請單》審核無誤后，簽發(fā)《開具紅字公路、內河貨物運輸業(yè)發(fā)票通知單》（以下簡稱《通知單》），然后，受票方持《通知單》要求承運方開具紅字運輸發(fā)票。如果原發(fā)票是由稅務機關或代開票中介機構代開的，則由承運方負責到原代開方辦理開具紅字運輸發(fā)票事宜。
但在開具紅字發(fā)票過程中應注意以下幾個問題：
1、在開具紅字發(fā)票前，如果開票方（指自開票納稅人）和受票方均未記賬、貨運發(fā)票全部聯(lián)次可以收回、同時代開發(fā)票單位代扣的稅款也未入庫的，應對全部聯(lián)次監(jiān)制章部位做剪口處理后封存，不再開具紅字發(fā)票，重新開具藍字發(fā)票即可；但如果有一方已經入賬、貨運發(fā)票不能全部聯(lián)次收回、或代開發(fā)票單位已將代扣的稅款入庫時，則必須開具紅字發(fā)票。需要注意的是：在這種情況下，在下次領購新貨運發(fā)票時應將剪口后的貨運發(fā)票全部聯(lián)次交稅務機關查驗留存。
2、受票方為營業(yè)稅納稅人的，應提供地稅主管稅務機關簽發(fā)的《通知單》；受票方為增值稅納稅人的，應提供國稅主管稅務機關簽發(fā)的《通知單》。
3、開具紅字發(fā)票時應在價稅合計的大寫金額第一字前加“負數(shù)”字，在小寫金額前加“-”號。
4、月末在報送稅控盤（或傳輸盤）數(shù)據(jù)時應將《通知單》一并交主管稅務機關審核、比對；比對不符的，不再允許開具紅字貨運發(fā)票，并按有關規(guī)定進行處理。
5、不論是自開票納稅人還是代開票納稅人，因開具紅字運輸發(fā)票而多繳的稅款，要及時向主管稅務機關（地稅部門）申請辦理退庫手續(xù)。