1.增值稅的核算不規(guī)范，未按規(guī)定進行相關(guān)明細核算，如一般納稅人未設(shè)置“未交增值稅”科目核算應交而未交及多繳的稅額；或?qū)α舻侄愵~也通過“未交增值稅”科目核算，出口退稅通過所謂的“補貼收入”科目核算等等，造成增值稅核算混亂。
2.運用“發(fā)出商品”科目核算發(fā)出的存貨，引起繳納增值稅時間上的混亂，按照增值稅條例規(guī)定，如采取直接銷售收款方式，商品（產(chǎn)品）發(fā)出后，即負有納稅義務（不論是否開具發(fā)票）。
3.行政管理部門等領(lǐng)用原材料、非正常損耗原材料，原材料所負擔的進項稅額并沒有做轉(zhuǎn)出處理，領(lǐng)用的產(chǎn)成品亦未視同銷售處理。
4.銷售廢料，沒有計提并繳納增值稅。
5.對外捐贈原材料、產(chǎn)成品未計提相應的銷項稅額。
6.為降低稅負，有些企業(yè)接受虛開增值稅專用發(fā)票用于進項抵扣。對會計人員來說，虛開及接受虛開增值稅專用發(fā)票可能構(gòu)成嚴重的刑事犯罪。
7.一般納稅人每月的稅負率恒定，企業(yè)本意往往是希望人為控制稅負水平或為了不引起稅務局對異常申報的關(guān)注，而實際上正說明了“此地無銀三百兩”，因為通常進貨與銷售并不會同步，每月的稅負率出現(xiàn)適當波動才是正常的。
8.取得的增值稅專用發(fā)票的開具方與收款人不一致，依規(guī)定如果收款人與發(fā)票開具方不一致，不可以抵扣增值稅進項稅額。
9.小規(guī)模納稅人達到規(guī)定的銷售額時，可能會被強制認定為一般納稅人，因此，企業(yè)應做好相關(guān)準備。尤其是快要達到規(guī)定銷售額時，不宜保留太多存貨，否則被強制認定一般納稅人后，該項存貨銷售時須按17%等稅率，進項卻沒有抵扣，不劃算。一般納稅人轉(zhuǎn)正時，通常是半年就需要達到100萬（工業(yè)）或180萬（商業(yè)）的銷售額，否則，難以轉(zhuǎn)正。