按照國稅函[2009]694號的規(guī)定，企業(yè)年金的企業(yè)繳費計入個人賬戶的部分是個人因任職或受雇而取得的所得，屬于個人所得稅應(yīng)稅收入，在計入個人賬戶時，應(yīng)視為個人一個月的工資、薪金（不與正常工資、薪金合并），不扣除任何費用，按照“工資、薪金所得”項目計算當(dāng)期應(yīng)納個人所得稅款，并由企業(yè)在繳費時代扣代繳。
這一規(guī)定實際是降低了納稅人的稅負(fù)。因為年金企業(yè)繳費部分如何處理，國家此前并沒有明確的規(guī)定，如果按照商業(yè)保險的規(guī)定處理，就必須納入工資薪金納稅，適用稅率肯定要比單獨算拿出來按一個月工資納稅要高。但在實際操作中，納稅人也要注意以下幾個問題的把握：
1、年金的計算應(yīng)分為兩部分，即個人所繳納部分應(yīng)并入到其當(dāng)月收入中，企業(yè)繳納部分則應(yīng)單獨適用稅率，通常情況下與個人當(dāng)月的工資薪金部分適用稅率不同，且不再減除任何費用，即雖然將企業(yè)所繳納年金部分單獨作為一個月薪金，但因為在計算當(dāng)月工資薪金收入個人所得稅時已考慮到其生計扣除費用，在計算企業(yè)所繳年金時不再考慮費用扣除問題，且單獨適用稅率，這樣往往企業(yè)所繳年金部分可以找到一個比工資更低的稅率，年金的計算方法特殊之處也在于此。
2、企業(yè)按季度、半年或年度繳納企業(yè)繳費的，在計稅時不能分?jǐn)偟剿鶎僭路荩鴳?yīng)將其作為繳費所屬月份的單獨一個月工資、薪金，不扣除任何費用，按照適用稅率計算扣繳個人所得稅，這一點，與我們目前所執(zhí)行的個人所得稅法基本原則是相同的，即個人取得的工資薪金收入應(yīng)于個人實際取得時計算繳納個人所得稅，對于個人一次性取得原本可能屬于不同月份的工資薪金除法規(guī)有明確規(guī)定外，原則上都不允許進(jìn)行分?jǐn)偂?
3、根據(jù)國稅函[2009]694號第五條規(guī)定，對于該通知下發(fā)前企業(yè)已按規(guī)定對企業(yè)繳費部分依法扣繳個人所得稅的，稅務(wù)機(jī)關(guān)不再退稅；企業(yè)未扣繳企業(yè)繳費部分個人所得稅的，稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)限期責(zé)令企業(yè)按以下方法計算扣繳稅款：以每年度未扣繳企業(yè)繳費部分為應(yīng)納稅所得額，以當(dāng)年每個職工月平均工資額的適用稅率為所屬期企業(yè)繳費的適用稅率，匯總計算各年度應(yīng)扣繳稅款。
舉例說明：張某所在的企業(yè)在2008年為其建立了年金，但對于企業(yè)為張某所繳納的年金均未扣繳其個人所得稅，2009年12月15日，根據(jù)國稅函[2009]694號文件規(guī)定，企業(yè)自查為其補(bǔ)稅，則需要按如下方法進(jìn)行：
張某2008年1月至12月個人所得稅應(yīng)納稅所得額合計72000元，企業(yè)為其繳納年金合計為2880元，繳納時未扣繳其個人所得稅，則先計算張某2008年月平均工資額：72000/12=6000，6000-2000=4000元，應(yīng)適用個人所得稅稅率：15%，企業(yè)為張某繳納的2880元應(yīng)補(bǔ)繳年金個稅：（2880×15%-125）=307元。
可以看出，對于補(bǔ)繳以前年度的企業(yè)繳費年金部分不能適用新發(fā)布的年金計算方法，也可以理解為，對于企業(yè)補(bǔ)繳部分仍為并入其當(dāng)年工資薪金所得尋找其適用稅率，只是在計算方法上企業(yè)無需將其細(xì)化到每一個月，而是可以將全年工資額平均后找到其適用稅率進(jìn)行補(bǔ)繳。
4、該計算方法應(yīng)按文發(fā)之日即2009年12月10日起執(zhí)行，對于以前已將企業(yè)繳納年金部分進(jìn)行扣繳個人所得稅的，其計算方法與本通知方法有差異雖體現(xiàn)為多繳但不退稅，企業(yè)應(yīng)自2009年12月10日后再為員工個人繳納年金部分可按本通知辦法進(jìn)行計算。