（一）代扣代繳義務：
《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》（中華人民共和國主席令2007年第63號）第三條第三款規(guī)定“非居民企業(yè)在中國境內(nèi)未設立機構、場所的，或者雖設立機構、場所但取得的所得與其所設機構、場所沒有實際聯(lián)系的，應當就其來源于中國境內(nèi)的所得繳納企業(yè)所得稅。”
第三十七條“對非居民企業(yè)取得本法第三條第三款規(guī)定的所得應繳納的所得稅，實行源泉扣繳，以支付人為扣繳義務人。稅款由扣繳義務人在每次支付或者到期應支付時，從支付或者到期應支付的款項中扣繳。”
《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實施條例》第十八條“企業(yè)所得稅法第六條第（五）項所稱利息收入，是指企業(yè)將資金提供他人使用但不構成權益性投資，或者因他人占用本企業(yè)資金取得的收入，包括存款利息、貸款利息、債券利息、欠款利息等收入。
利息收入，按照合同約定的債務人應付利息的日期確認收入的實現(xiàn)。“
第一百零五條第二款“企業(yè)所得稅法第三十七條所稱到期應支付的款項，是指支付人按照權責發(fā)生制原則應當計入相關成本、費用的應付款項。”
《非居民企業(yè)所得稅源泉扣繳管理暫行辦法》（國稅發(fā)[2009]3號）第三條“對非居民企業(yè)取得來源于中國境內(nèi)的股息、紅利等權益性投資收益和利息、租金、特許權使用費所得、轉(zhuǎn)讓財產(chǎn)所得以及其他所得應當繳納的企業(yè)所得稅，實行源泉扣繳，以依照有關法律規(guī)定或者合同約定對非居民企業(yè)直接負有支付相關款項義務的單位或者個人為扣繳義務人。”
《國家稅務總局關于加強非居民企業(yè)來源于我國利息所得扣繳企業(yè)所得稅工作的通知》（國稅函[2008]955號）：
一、自2008年1月1日起，我國金融機構向境外外國銀行支付貸款利息、我國境內(nèi)外資金融機構向境外支付貸款利息，應按照企業(yè)所得稅法及其實施條例規(guī)定代扣代繳企業(yè)所得稅。
二、我國境內(nèi)機構向我國銀行的境外分行支付的貸款利息，應按照企業(yè)所得稅法及其實施條例規(guī)定代扣代繳企業(yè)所得稅。
因而，根據(jù)如上規(guī)定，境內(nèi)企業(yè)在對境外企業(yè)支付利息款項時應履行代扣代繳企業(yè)所得稅義務，代扣代繳時間應為每次支付或者到期應支付時，從支付或者到期應支付的款項中扣繳，這里的“到期應支付的款項”條例第一百零五條第二款明確界定為“支付人按照權責發(fā)生制原則應當計入相關成本、費用的應付款項”，企業(yè)即使未實際支付，仍應按到期應支付時間即按照權責發(fā)生制原則應當計入相關成本、費用的時間確認扣繳企業(yè)所得稅時間，這與居民企業(yè)的利息收入“按照合同約定的債務人應付利息的日期確認收入的實現(xiàn)”的規(guī)定是有差別的。
（二）征收管理：
《非居民企業(yè)所得稅源泉扣繳管理暫行辦法》（國稅發(fā)[2009]3號）第四條“扣繳義務人與非居民企業(yè)首次簽訂與本辦法第三條規(guī)定的所得有關的業(yè)務合同或協(xié)議（以下簡稱合同）的，扣繳義務人應當自合同簽訂之日起30日內(nèi)，向其主管稅務機關申報辦理扣繳稅款登記。”
第五條“扣繳義務人每次與非居民企業(yè)簽訂與本辦法第三條規(guī)定的所得有關的業(yè)務合同時，應當自簽訂合同（包括修改、補充、延期合同）之日起30日內(nèi)，向其主管稅務機關報送《扣繳企業(yè)所得稅合同備案登記表》、合同復印件及相關資料。文本為外文的應同時附送中文譯本。”
第六條“扣繳義務人應當設立代扣代繳稅款賬簿和合同資料檔案，準確記錄企業(yè)所得稅的扣繳情況，并接受稅務機關的檢查。”
第七條“扣繳義務人在每次向非居民企業(yè)支付或者到期應支付本辦法第三條規(guī)定的所得時，應從支付或者到期應支付的款項中扣繳企業(yè)所得稅。
本條所稱到期應支付的款項，是指支付人按照權責發(fā)生制原則應當計入相關成本、費用的應付款項。
扣繳義務人每次代扣代繳稅款時，應當向其主管稅務機關報送《中華人民共和國扣繳企業(yè)所得稅報告表》（以下簡稱扣繳表）及相關資料，并自代扣之日起7日內(nèi)繳入國庫。“
因而，企業(yè)還需要注意按照上述征管規(guī)定進行相關程序的辦理。
（三）計稅基礎：
《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》第十九條“非居民企業(yè)取得本法第三條第三款規(guī)定的所得，按照下列方法計算其應納稅所得額：
�。ㄒ唬┕上�、紅利等權益性投資收益和利息、租金、特許權使用費所得，以收入全額為應納稅所得額：“
《非居民企業(yè)所得稅源泉扣繳管理暫行辦法》（國稅發(fā)[2009]3號）第八條“扣繳企業(yè)所得稅應納稅額計算。
扣繳企業(yè)所得稅應納稅額=應納稅所得額×實際征收率
應納稅所得額是指依照企業(yè)所得稅法第十九條規(guī)定計算的下列應納稅所得額：
�。ㄒ唬┕上�、紅利等權益性投資收益和利息、租金、特許權使用費所得，以收入全額為應納稅所得額，不得扣除稅法規(guī)定之外的稅費支出。“
《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實施條例》第一百零三條“依照企業(yè)所得稅法對非居民企業(yè)應當繳納的企業(yè)所得稅實行源泉扣繳的，應當依照企業(yè)所得稅法第十九條的規(guī)定計算應納稅所得額。
企業(yè)所得稅法第十九條所稱收入全額，是指非居民企業(yè)向支付人收取的全部價款和價外費用。“
《財政部國家稅務總局關于非居民企業(yè)征收企業(yè)所得稅有關問題的通知》（財稅[2008]130號）“根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》第十九條及《中華人民共和國企業(yè)所得稅實施條例》第一百零三條規(guī)定，在對非居民企業(yè)取得《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》第三條第三款規(guī)定的所得計算征收企業(yè)所得稅時，不得扣除上述條款規(guī)定以外的其他稅費支出。”
從此可以看出，對于境內(nèi)企業(yè)向境外機構支付利息時應代扣代繳企業(yè)所得稅的計稅基礎應為向支付人所收取的全部價款和價外費用，但不能扣除任何稅費支出，即因利息而可能發(fā)生的營業(yè)稅費用也不能扣除，這一點也是明顯與居民企業(yè)計算企業(yè)所得稅所不同的地方。
支付外幣需要折合成人民幣，具體按照國稅發(fā)[2009]3號第九條“扣繳義務人對外支付或者到期應支付的款項為人民幣以外貨幣的，在申報扣繳企業(yè)所得稅時，應當按照扣繳當日國家公布的人民幣匯率中間價，折合成人民幣計算應納稅所得額。”
第十條“扣繳義務人與非居民企業(yè)簽訂與本辦法第三條規(guī)定的所得有關的業(yè)務合同時，凡合同中約定由扣繳義務人負擔應納稅款的，應將非居民企業(yè)取得的不含稅所得換算為含稅所得后計算征稅。”
很多情況下，企業(yè)與境外企業(yè)簽訂的是付稅后金額的合同，對于這種情況下則需要按上述規(guī)定將不含稅所得換算為含稅所得后再進行計算征稅。
（四）適用稅率：
《中華人民共和國所得稅法》第四條“企業(yè)所得稅的稅率為25%.非居民企業(yè)取得本法第三條第三款規(guī)定的所得，適用稅率為20%.”
第二十七條“企業(yè)的下列所得，可以免征、減征企業(yè)所得稅：（五）本法第三條第三款規(guī)定的所得。”
《中華人民共和國所得稅法實施條例》第九十一條“非居民企業(yè)取得企業(yè)所得稅法第二十七條第（五）項規(guī)定的所得，減按10%的稅率征收企業(yè)所得稅。”
此外，《國家稅務總局關于中國居民企業(yè)向QFII支付股息、紅利、利息代扣代繳企業(yè)所得稅有關問題的通知》（國稅函[2009]47號）
一、QFII取得來源于中國境內(nèi)的股息、紅利和利息收入，應當按照企業(yè)所得稅法規(guī)定繳納10%的企業(yè)所得稅。如果是股息、紅利，則由派發(fā)股息、紅利的企業(yè)代扣代繳；如果是利息，則由企業(yè)在支付或到期支付時代扣代繳。
二、QFII取得股息、紅利和利息收入，需要享受稅收協(xié)定（安排）待遇的，可向主管稅務機關提出申請，主管稅務機關審核無誤后按照稅收協(xié)定的規(guī)定執(zhí)行；涉及退稅的，應及時予以辦理。
對于與我國簽訂稅收協(xié)定優(yōu)惠稅率的則按照國際法優(yōu)于國內(nèi)法的原則由企業(yè)自行申請經(jīng)主管稅務機關審核后可按協(xié)定安排稅率執(zhí)行，如：我國與香港簽有稅收協(xié)定規(guī)定香港居民無論是企業(yè)還是個人從內(nèi)地取得的利息收入，按7%稅率在內(nèi)地交納利息所得稅；而與韓國所簽訂的安排雖然規(guī)定了利息的預提所得稅稅率為10%，但對于韓國銀行、韓國產(chǎn)業(yè)銀行、韓國進出口銀行為韓國行使政府職能的金融機構，其從我國取得利息，我國將免征利息預提所得稅。
因而，企業(yè)也應視不同情況分別進行處理，但企業(yè)應提出申請方可按協(xié)定安排來執(zhí)行。