案例：
2009年7月30日，稅務人員在對某高新技術企業(yè)2008年度的企業(yè)所得稅進行檢查時發(fā)現(xiàn)，該企業(yè)2008年3月取得一筆由省科技廳無償撥付的科技補貼100萬元。2008年6月，該企業(yè)利用其中的80萬元購買了一臺專門用于研發(fā)活動的設備，并計入固定資產(chǎn)80萬元，企業(yè)按10年的期限從2008年7月開始計提折舊，當年計提折舊4萬元，此外有2萬元用于在職直接從事研發(fā)活動人員的工資支出，折舊4萬元和工資2萬元均在稅前扣除并同時加計扣除，加計扣除的研發(fā)支出符合《國家稅務總局關于印發(fā)〈企業(yè)研究開發(fā)費用稅前扣除管理辦法（試行）〉的通知》（國稅發(fā)[2008]116號）的規(guī)定。企業(yè)自行申報2008年度企業(yè)所得稅應納稅所得額為2000萬元，科技補貼100萬元未從應納稅所得額中扣減，企業(yè)無其它納稅調(diào)整事項。
由于《財政部、國家稅務總局關于專項用途財政性資金有關企業(yè)所得稅處理問題的通知》（財稅[2009]87號）是2009年6月16日才發(fā)布的，而一般企業(yè)在5月31日前就已辦理年度匯算清繳，故當時尚未執(zhí)行財稅[2009]87號文件。財稅[2009]87號規(guī)定，對企業(yè)在2008年1月1日至2010年12月31日期間從縣級以上各級人民政府財政部門及其他部門取得的應計入收入總額的財政性資金，凡同時符合三個條件的，可以作為不征稅收入，在計算應納稅所得額時從收入總額中減除。具體條件是：企業(yè)能夠提供資金撥付文件，且文件中規(guī)定該資金的專項用途；財政部門或其他撥付資金的政府部門對該資金有專門的資金管理辦法或具體管理要求；企業(yè)對該資金以及以該資金發(fā)生的支出單獨進行核算。檢查人員經(jīng)認真審查，確認企業(yè)的科技補貼100萬元符合財稅[2009]87號規(guī)定的不征稅條件。那么，該如何對企業(yè)2008年度應納稅所得額進行納稅調(diào)整呢？
納稅調(diào)整計算：按照財稅[2009]87號的規(guī)定，該企業(yè)取得的科技補貼100萬元應作為不征稅收入，同時不征稅收入用于支出所形成的費用，不得在計算應納稅所得額時扣除；用于支出所形成的資產(chǎn)，其計算的折舊、攤銷不得在計算應納稅所得額時扣除。因此，該企業(yè)2008年度的折舊4萬元和工資2萬元及其相應的加計扣除均不得在稅前扣除。
2008年度應納稅所得額為2000-100+4+2+（4+2）×50%＝1909（萬元）
應納企業(yè)所得稅1909×15%＝286.35（萬元）
比原先申報稅款少了2000×15%-286.35＝13.65（萬元）
應按規(guī)定進行退抵手續(xù)。
分析：
財政性資金，到底是“免稅收入”還是“不征稅收入”要嚴格區(qū)分，按照企業(yè)所得稅法實施條例的規(guī)定，企業(yè)的不征稅收入用于支出所形成的費用或者財產(chǎn)，不得扣除或者計算對應的折舊、攤銷扣除，而免稅收入用于支出所形成的費用或者財產(chǎn)，則可以扣除或者計算對應的折舊、攤銷扣除。稅務人員在對企業(yè)進行檢查時，如果是執(zhí)行《小企業(yè)會計制度》的企業(yè)，要注意其“營業(yè)外收入”等科目，如果是執(zhí)行《企業(yè)會計制度》的企業(yè)，要注意“補貼收入”等科目，如果是執(zhí)行新《企業(yè)會計準則》的企業(yè)，則要注意“遞延收益”和“營業(yè)外收入”等科目，此外還要注意企業(yè)的“其它應付款”、“專項應付款”等相關科目，弄清財政性資金的來源及去向，嚴格區(qū)分“免稅收入”和“不征稅收入”的稅務處理，既要充分保護納稅人享受好稅收優(yōu)惠，同時也不能讓國家稅收受損失。