國家稅務(wù)總局《關(guān)于調(diào)整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關(guān)問題的通知》（國稅函[2009]617號(hào)）規(guī)定，增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以后開具的增值稅專用發(fā)票、公路內(nèi)河貨物運(yùn)輸業(yè)統(tǒng)一發(fā)票和機(jī)動(dòng)車銷售統(tǒng)一發(fā)票，應(yīng)在開具之日起180日內(nèi)到稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理認(rèn)證，并在認(rèn)證通過的次月申報(bào)期內(nèi)，向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。未在規(guī)定期限內(nèi)到稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理認(rèn)證、申報(bào)抵扣或者申請(qǐng)稽核比對(duì)的，不得作為合法的增值稅扣稅憑證，不得計(jì)算進(jìn)項(xiàng)稅額抵扣。國稅函[2009]617號(hào)文件還規(guī)定，增值稅一般納稅人丟失已開具的增值稅專用發(fā)票，應(yīng)在第一條規(guī)定的期限內(nèi)，按照國家稅務(wù)總局《關(guān)于修訂〈增值稅專用發(fā)票使用規(guī)定〉的通知》（國稅發(fā)[2006]156號(hào)）第二十八條及相關(guān)規(guī)定辦理。
國稅發(fā)[2006]156號(hào)文件第二十八條規(guī)定，一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)，如果丟失前已認(rèn)證相符的，購買方憑銷售方提供的相應(yīng)專用發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件及銷售方所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報(bào)稅證明單》，經(jīng)購買方主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核同意后，可作為增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的抵扣憑證。如果丟失前未認(rèn)證的，購買方憑銷售方提供的相應(yīng)專用發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件到主管稅務(wù)機(jī)關(guān)進(jìn)行認(rèn)證，認(rèn)證相符的憑該專用發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件及銷售方所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報(bào)稅證明單》，經(jīng)購買方主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核同意后，可作為增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的抵扣憑證。一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的抵扣聯(lián)，如果丟失前已認(rèn)證相符的，可使用專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復(fù)印件留存?zhèn)洳椤Ｈ绻麃G失前未認(rèn)證的，可使用專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)到主管稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)證，專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復(fù)印件留存?zhèn)洳�。一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)，可將專用發(fā)票抵扣聯(lián)作為記賬憑證，專用發(fā)票抵扣聯(lián)復(fù)印件留存?zhèn)洳椤?
如果增值稅專用發(fā)票的開具已經(jīng)超過180天，購買方可以憑銷售方提供的相應(yīng)專用發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件到主管稅務(wù)機(jī)關(guān)進(jìn)行認(rèn)證，但不能抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。如果銷售方先開具發(fā)票，則根據(jù)《增值稅暫行條例》第十九條的規(guī)定，增值稅納稅義務(wù)發(fā)生時(shí)間為開具發(fā)票的當(dāng)天，銷售方應(yīng)依法申報(bào)繳納相應(yīng)的增值稅。企業(yè)之間的經(jīng)濟(jì)糾紛超出稅務(wù)部門的管理權(quán)限，可依法向人民法院提起訴訟。