企業(yè)采用匯總納稅方式，主要有以下幾方面的優(yōu)勢：
第一，成員企業(yè)之間的盈利和虧損可以互相抵補(bǔ)，即集團(tuán)內(nèi)一家企業(yè)的損失可抵消其他企業(yè)的利潤，企業(yè)總體上就可以利用時間性差異遞延納稅時間，獲取一定的稅收利益，這相當(dāng)于稅務(wù)機(jī)關(guān)提供了一筆無息貸款，有助于企業(yè)發(fā)展。
第二，稅法規(guī)定在稅前列支有限額的費(fèi)用（如業(yè)務(wù)招待費(fèi)、廣告費(fèi)、業(yè)務(wù)宣傳費(fèi)）可以在整個集團(tuán)內(nèi)部調(diào)劑使用，從而使整個集團(tuán)的稅收負(fù)擔(dān)更趨合理。
匯總納稅的風(fēng)險：
第一，由于稅法和會計制度存在一定差異（新會計準(zhǔn)則頒布實(shí)施后，差異愈加明顯），加之各地區(qū)稅務(wù)機(jī)關(guān)在理解及執(zhí)行政策尺度、口徑上可能存在一定的差異，匯總納稅企業(yè)在開展匯算清繳工作時會有一定難度。此外，匯總納稅在技術(shù)處理上比較復(fù)雜，需要輔之以先進(jìn)的內(nèi)部監(jiān)控審核手段，對所有涉稅流程進(jìn)行嚴(yán)格規(guī)范，對企業(yè)的實(shí)際納稅操作提出了更高的要求，有可能增加相關(guān)成本。
第二，新的匯總納稅辦法的實(shí)施帶來的風(fēng)險。
我國的匯總（合并）納稅政策起源于1994年，對經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)或按國務(wù)院規(guī)定條件批準(zhǔn)，實(shí)行匯總（合并）繳納企業(yè)所得稅的企業(yè)集團(tuán)總分公司的匯總納稅和母子公司的合并納稅，實(shí)行層層申報、逐級匯總、屬地監(jiān)管的稅收管理模式，無論是總分體制的各級分公司，還是母子體制的各級子公司，均作為“成員企業(yè)”在當(dāng)?shù)厣陥蟛⒔邮墚?dāng)?shù)囟悇?wù)機(jī)關(guān)的監(jiān)管和檢查；新稅法法人所得稅制的實(shí)施，判定所得稅納稅人的標(biāo)準(zhǔn)由原來能夠“獨(dú)立核算企業(yè)”變?yōu)楝F(xiàn)在的“法人企業(yè)”。這一標(biāo)準(zhǔn)的變化，使匯總納稅企業(yè)的納稅方式發(fā)生了改變。新稅法按法人納稅后，母子體制的公司分別納稅，跨地區(qū)經(jīng)營的匯總納稅企業(yè)只管理到二級分支機(jī)構(gòu)，分支機(jī)構(gòu)只在屬地按分配表預(yù)繳稅款而不再進(jìn)行匯算清繳，這種體制變化的結(jié)果是幾乎在一夜之間，全國就取消了數(shù)十萬計的二級以下分支機(jī)構(gòu)的“所得稅納稅人”，而伴隨這幾十萬納稅人同時取消的，還有對這些“成員企業(yè)”的失于監(jiān)管。因此，其中之風(fēng)險可想而知。