由于事業(yè)單位業(yè)務范圍、財務管理、會計核算的特殊性，按照國家稅務總局關(guān)于印發(fā)《事業(yè)單位社會團體民辦非企業(yè)單位企業(yè)所得稅征收管理辦法》以及其他相關(guān)規(guī)定計算并交納企業(yè)所得。伴隨著我國經(jīng)濟體制改革的進行和WTO的加入，我國的事業(yè)單位的業(yè)務活動范圍不斷擴大，服務對象、收入來源渠道多元化，單位支出相對多樣復雜，事業(yè)單位企業(yè)所得稅管理相關(guān)規(guī)定與事業(yè)單位實際的業(yè)務發(fā)展方向、會計核算處理等方面表現(xiàn)出諸多不協(xié)調(diào)之處。

　　一、關(guān)于“三新”技術(shù)開發(fā)費用支出抵扣應納稅所得額問題

　　根據(jù)國家稅務總局關(guān)于印發(fā)《企業(yè)技術(shù)開發(fā)費稅前扣除管理辦法》的通知，納稅人在一個納稅年度生產(chǎn)經(jīng)營中發(fā)生的用于研究開發(fā)新產(chǎn)品、新技術(shù)、新工藝的各項費用，允許在交納企業(yè)所得稅前扣除。國有、集體工業(yè)企業(yè)及國有、集體企業(yè)控股并從事工業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營的股份制企業(yè)、聯(lián)營企業(yè)發(fā)生的技術(shù)開發(fā)費比上年增長10%（含10%）以上的，經(jīng)稅務機關(guān)審核批準，允許再按技術(shù)開發(fā)費實際發(fā)生額的50%，抵扣當年度的應納稅所得額。為增加和擴大收入來源，事業(yè)單位尤其是科研事業(yè)單位的“三新”技術(shù)開發(fā)支出普遍較大，但事業(yè)單位卻沒有包括在內(nèi)，不符合稅法應該體現(xiàn)的納稅主體公平待遇原則和一致性原則。

　　1、從法律層次上講，事業(yè)單位按照《事業(yè)單位社會團體民辦非企業(yè)單位企業(yè)所得稅征收管理辦法》規(guī)定交納所得稅，而《事業(yè)單位社會團體民辦非企業(yè)單位企業(yè)所得稅征收管理辦法》又是根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅暫行條例》制訂的，事業(yè)單位作為一個具有獨立民事權(quán)利和義務的事業(yè)法人，企業(yè)享受的待遇事業(yè)單位也應享受。

　　2、從稅法體現(xiàn)的精神上講，《企業(yè)技術(shù)開發(fā)費稅前扣除管理辦法》應該體現(xiàn)鼓勵全社會進行技術(shù)創(chuàng)新、技術(shù)進步，增強社會發(fā)展的后勁。事業(yè)單位和其他納稅人根據(jù)事業(yè)發(fā)展需要自籌資金投入的研發(fā)支出，都應該予以抵免，以降低事業(yè)單位的納稅成本和提升事業(yè)單位的市場競爭力。

　　二、關(guān)于技術(shù)改造國產(chǎn)設備投資抵免所得稅問題

　　為鼓勵企業(yè)加大投資力度，支持企業(yè)技術(shù)改造，促進產(chǎn)品結(jié)構(gòu)調(diào)整和經(jīng)濟穩(wěn)定發(fā)展，國務院有關(guān)部委制定了《企業(yè)技術(shù)改造國產(chǎn)設備投資抵免企業(yè)所锝稅暫行辦法》，規(guī)定從1999年7月1日起，凡在我國境內(nèi)投資于符合國家產(chǎn)業(yè)政策的技術(shù)改造項目的企業(yè)，其項目所需國產(chǎn)設備投資的40%，可從設備購置的當年比上一年新增的企業(yè)所得稅中抵免。在稅務部門的實際實施和管理過程中要求應用此政策的法人必須出具《企業(yè)法人營業(yè)執(zhí)照》。當今時代是經(jīng)濟結(jié)構(gòu)和產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)飛速調(diào)整的時期，事業(yè)單位改制和事業(yè)單位企業(yè)化管理趨勢都要求事業(yè)單位研發(fā)成果自身轉(zhuǎn)化為實物產(chǎn)品生產(chǎn)時，需要較大規(guī)模的固定資產(chǎn)投資支出。此項規(guī)定明顯帶有計劃經(jīng)濟的色彩，應該按照市場經(jīng)濟的規(guī)律，凡是有利于科技進步，促進生產(chǎn)力水平提高，投資于市場急需和社會發(fā)展的產(chǎn)業(yè)，都應享受此項稅收抵免。

　　三、關(guān)于稅收、會計制度確認收入原則問題

　　按照《事業(yè)單位社會團體民辦非企業(yè)單位企業(yè)所得稅征收管理辦法》規(guī)定，事業(yè)單位、社會團體、民辦非企業(yè)單位應納稅所得額的計算，以權(quán)責發(fā)生制為原則；在計算應納稅所得額時，其財務、會計處理方法同稅收不一致的，應當依照稅收規(guī)定計算納稅。

　　1、事業(yè)單位核算遵循的原則既有收付實現(xiàn)制，又有權(quán)責發(fā)生制，按照該辦法的要求實行權(quán)責發(fā)生制進行應納稅所得額的計算，但并沒有明確調(diào)整的具體項目和方法，由于事業(yè)單位的多樣性和會計、稅務人員對具體經(jīng)濟業(yè)務事項的判斷及理解程度的不同，難免會造成事業(yè)單位與稅務機關(guān)對同一經(jīng)濟業(yè)務的不同認識和處理意見。

　　2、對于上述兩種方法計算事業(yè)收入的差異如果涉及以前年度應納稅所得額調(diào)整，該如何調(diào)整沒有明確。例如事業(yè)單位對投資收益的計算按會計制度的要求收付實現(xiàn)制，當年收到的投資收益可能是以前年度，按權(quán)責發(fā)生制的原則不應交納企業(yè)所得稅。稅法又沒有明確要求按追溯調(diào)整法和未來使用法來進行核算企業(yè)所得稅。

　　因此，有關(guān)事業(yè)單位稅收與會計制度規(guī)定經(jīng)濟業(yè)務不同的處理方法形成的調(diào)整事項規(guī)定必須明確。

　　四、關(guān)于事業(yè)單位“修購基金”扣除問題

　　按照《事業(yè)單位社會團體民辦非企業(yè)單位企業(yè)所得稅征收管理辦法》第九條規(guī)定，按照財務會計制度規(guī)定計提的修購基金，在計征企業(yè)所得稅時不得在稅前扣除。

　　事業(yè)單位固定資產(chǎn)更新改造主要依靠單位提取的修購基金解決，按照財務會計規(guī)定此科目登記按照規(guī)定計提的固定資產(chǎn)使用費、修理費和有償轉(zhuǎn)讓固定資產(chǎn)的收入、固定資產(chǎn)報廢后的殘值收入；以及固定資產(chǎn)的購建和技術(shù)改造及修理的支出等。按照稅法的規(guī)定，計提的修購基金在計征所得稅時不得在稅前扣除，固定資產(chǎn)修理費就不能在稅前扣除，稅法規(guī)定的不得扣除的項目是和生產(chǎn)經(jīng)營無關(guān)的項目，但固定資產(chǎn)修理費是和生產(chǎn)經(jīng)營密切相關(guān)的費用，不能在稅前列支明顯不符合稅法的原則精神。如果固定資產(chǎn)的維修費總額超過計提總額，也應據(jù)實在稅前列支。

　　因此應把固定資產(chǎn)修理費實際支出數(shù)（不按計提數(shù)）作為成本費用的一項允許在稅前列支，如果固定資產(chǎn)的維修費總額超過計提總額也應據(jù)實在稅前列支。但目前事業(yè)單位企業(yè)所得稅申報表不含此項內(nèi)容，應予補充完善。

　　五、關(guān)于稅法和事業(yè)單位會計核算對事業(yè)項目撥款收入確認的區(qū)別問題

　　《事業(yè)單位社會團體民辦非企業(yè)單位企業(yè)所得稅征收管理辦法》第四條要求事業(yè)項目收入要有財政部門、上級主管部門撥款證明才能準予扣除。但財務會計對項目周期長、跨年度的合同，對年度結(jié)算價款有困難的，依據(jù)事業(yè)項目收入和費用支出配比的原則，將年度事業(yè)成本實際支出數(shù)扣除財政補助收入應當沖減部分，加上本年度事業(yè)項目收益后確認為當年項目事業(yè)收入。這樣就造成項目實際撥款和會計確認的項目收入之間產(chǎn)生差異，特別是項目的實際撥款遠遠小于項目的實際成本支出時。

　　國家撥付事業(yè)經(jīng)費的項目超支金額，從稅務的角度明顯不能扣除。但對事業(yè)單位尤其對科研事業(yè)單位來說明顯不合理，科研事業(yè)單位為了保證國家重點科研項目的自主知識產(chǎn)權(quán)和民族科技工業(yè)發(fā)展的需要，必須保證某些重點科研項目的研制成功，科研投入本身有許多不可預見的因素，國家在撥款的時候也不可能準確，因此事業(yè)經(jīng)費尤其是國家立項的重點科研項目超支金額應據(jù)實扣除。

　　六、關(guān)于“投資收益”的填列問題

　　事業(yè)單位對外“投資收益”發(fā)生額應該填列在《事業(yè)單位社會團體民辦非企業(yè)單位企業(yè)所得稅征收管理辦法》附件1《事業(yè)單位企業(yè)所得稅納稅申報表》的第8行“收入總額－其他收入”項目內(nèi)，其按照分配方所在地和收益方所在地的所得稅稅率差計算出的補稅額可以在該表的第52行“加：境內(nèi)投資收益補稅額”填列。

　　對應稅收入和非應稅收入核算、以及應稅支出和非應稅支出核算能夠劃分清楚的事業(yè)單位沒有影響。但是對采用分攤比例法的事業(yè)單位來講將會影響應納稅所得額，因為按照該表設置“準予扣除的免征企業(yè)所得稅收入項目金額”中不包括對外“投資收益”的發(fā)生額，而是作為“應稅收入總額”成為計算事業(yè)單位應納稅所得額和成本費用分配的依據(jù)。這樣的表內(nèi)設置和處理不僅導致事業(yè)單位在贏利時應稅收入重復計算，而且在事業(yè)單位應納稅所得額為負值（虧損）且絕對值大于投資收益時還要補繳由于計算投資收益分配方和收益方稅率差形成的補稅額，這顯然是不合理的。

　　七、關(guān)于工資總額稅前列支問題

　　《事業(yè)單位社會團體民辦非企業(yè)單位企業(yè)所得稅征收管理辦法》第八條要求事業(yè)單位凡執(zhí)行國務院規(guī)定的事業(yè)工作人員工資制度的，按照規(guī)定的工資標準稅前扣除，事業(yè)單位、社會團體、民辦非企業(yè)單位的工資制度和工資標準應報主管稅務機關(guān)備案。工資、薪金支出是成本費用支出的重要內(nèi)容，國外稅收上是允許納稅人支出的工資、薪金在稅前扣除的。我國會計制度也如此規(guī)定，但是有最高限額。因此在1994年稅制改革時，考慮到企業(yè)的自我約束機制還不健全，我國的所得稅制度還有待進一步完善，全民納稅意識還沒有形成，為了控制企業(yè)過多的發(fā)放工資，避免造成稅收的減少，因此，企業(yè)所得稅條例規(guī)定了一個計稅工資。目前，財政部和國家稅務總局確定的計稅工資月扣除最高限額是每人800元；對事業(yè)單位執(zhí)行國家核定工資額度已內(nèi)實際發(fā)放的工資允許在稅前列支扣除。

　　當時制訂所得稅暫行條例的國內(nèi)環(huán)境以及國際環(huán)境都已經(jīng)發(fā)生了巨大變化，無論從市場經(jīng)濟出發(fā)，還是從國際慣例、規(guī)范稅制、公平競爭的要求出發(fā)，工資薪金的支出都應據(jù)實扣除。在過去的10年里，稅收法律體系的建立，特別是個人所得稅法的實施，已經(jīng)沒有必要限制工資、薪金支出。

　　事業(yè)單位尤其是科研事業(yè)單位人力資源構(gòu)成中高級知識分子所占比例較大，在知識經(jīng)濟飛速發(fā)展的今天，面對人力資源爭奪日趨激烈的局面，工資薪金是事業(yè)單位吸引和挽留人才的重要手段。由于核定工資總額額度的限制，按照各地平均收入為主要依據(jù)核定的工資總額已經(jīng)不能滿足事業(yè)單位發(fā)展工資薪金發(fā)放的實際額度；為了科研、生產(chǎn)、經(jīng)營的需要長期聘用的專家、臨時工發(fā)放工資不能再稅前列支扣除，增加了事業(yè)單位納稅支出和事業(yè)發(fā)展的負擔，降低了事業(yè)單位利用資金的能力和效率，在一定程度上阻礙了事業(yè)單位市場競爭力的提高。