企業(yè)所得稅的計(jì)稅依據(jù)為應(yīng)納稅所得額。企業(yè)在確認(rèn)收入、成本、費(fèi)用、損失并進(jìn)行損益核算和帳務(wù)處理，以及進(jìn)行資產(chǎn)、負(fù)債管理等都是按照企業(yè)會(huì)計(jì)制度執(zhí)行。所以對(duì)于確認(rèn)應(yīng)納稅所得額過(guò)程中，因計(jì)算口徑和計(jì)算時(shí)期不同而形成的稅前會(huì)計(jì)利潤(rùn)與應(yīng)納稅所得額的差異，企業(yè)應(yīng)當(dāng)在進(jìn)行企業(yè)所得稅申報(bào)時(shí)作相應(yīng)的納稅調(diào)整。稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)企業(yè)所得稅檢查中的“查增所得額”是指稅務(wù)機(jī)關(guān)按照稅法規(guī)定計(jì)算應(yīng)調(diào)增的應(yīng)納稅所得額（不包括納稅人已調(diào)增的）減去按稅法規(guī)定應(yīng)調(diào)減的應(yīng)納稅所得額（不包括納稅人已調(diào)減的）后的余額。
稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)查增所得額根據(jù)企業(yè)虧損、減稅、免稅的不同情況下，在征稅上應(yīng)當(dāng)依法作以下處理：
一、對(duì)納稅企業(yè)的查增所得額不得彌補(bǔ)以前年度的虧損。
這里要注意兩點(diǎn)：
1、以前年度是指除所檢查年度外的應(yīng)彌補(bǔ)虧損的年度；
2、以前年度虧損額是指經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)按照稅收法規(guī)規(guī)定核實(shí)、調(diào)整的允許稅前扣除的虧損金額。查增所得額僅就所查年度而言，而不考慮以前年度的虧損彌補(bǔ)，其實(shí)質(zhì)上是對(duì)納稅人的一種制裁。
二、對(duì)查增所得額的年度的彌補(bǔ)。
根據(jù)《企業(yè)所得稅暫行條例》的規(guī)定：應(yīng)納稅所得額是指納稅人每一納稅年度的收入總額減去準(zhǔn)予扣除項(xiàng)目后的余額。所以，對(duì)納稅企業(yè)所查年度為虧損（該虧損為納稅人自行申報(bào)的虧損數(shù)額）的，對(duì)稅務(wù)機(jī)關(guān)檢查的查增所得額可以彌補(bǔ)所查年度的虧損額。查增所得額彌補(bǔ)虧損后有兩種情況發(fā)生：
1、經(jīng)虧損彌補(bǔ)后“由虧轉(zhuǎn)盈”的，按稅務(wù)機(jī)關(guān)調(diào)整的應(yīng)納稅所得額抵補(bǔ)企業(yè)申報(bào)虧損額后的金額依法計(jì)征所得稅，在5月1日后繳納的，相應(yīng)加收其滯納金；
2、申報(bào)虧損的企業(yè)，經(jīng)稅務(wù)檢查調(diào)整后仍為虧損的，即為允許彌補(bǔ)的虧損額，按規(guī)定在以后年度中分年抵補(bǔ)。
三、對(duì)享受減、免稅企業(yè)的查增所得額的處理。
《稅收征管法實(shí)施細(xì)則》的規(guī)定：納稅人享受減稅、免稅待遇的，在減稅、免稅期間也應(yīng)當(dāng)按照規(guī)定辦理納稅申報(bào)。所以享受減免稅的納稅人應(yīng)當(dāng)和其他企業(yè)一樣：依法向稅務(wù)機(jī)關(guān)進(jìn)行企業(yè)所得稅申報(bào)。稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)享受減免稅的納稅人檢查的查增所得額分兩種情況：
1、對(duì)減稅企業(yè)屬于盈利年度查增所得額要按規(guī)定補(bǔ)稅，在5月1日后繳納的相應(yīng)加收滯納金；
2、減稅企業(yè)的查增所得額彌補(bǔ)虧損后仍虧損的及免稅企業(yè)的查增所得額，不存在納稅問(wèn)題。
對(duì)納稅人的追繳稅款和加收滯納金是納稅人的“本份”，但對(duì)上述的行為應(yīng)當(dāng)如何處理？根據(jù)《稅收征管法》第六十三條的規(guī)定：“納稅人偽造、變?cè)�、隱匿、擅自銷毀賬簿、記賬憑證，或者在賬簿上多列支出或者不列、少列收入，或者經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)通知申報(bào)而拒不申報(bào)或者進(jìn)行虛假的納稅申報(bào)，不繳或者少繳應(yīng)納稅款的，是偷稅。對(duì)納稅人偷稅的，由稅務(wù)機(jī)關(guān)追繳其不繳或者少繳的稅款、滯納金，并處不繳或者少繳的稅款的百分之五十以上五倍以下的罰款；構(gòu)成犯罪的依法追究刑事責(zé)任。”
從本條的規(guī)定中可以看出，納稅人構(gòu)成偷稅必須同時(shí)具備兩個(gè)條件：
一是采取了法定的任意一個(gè)或一個(gè)以上的手段；
二是形成了不繳或少繳稅款的客觀事實(shí)。也就是說(shuō)，對(duì)納稅人實(shí)現(xiàn)的稅款構(gòu)成偷稅不僅要有行為，而且還必須具備行為的結(jié)果：只有行為沒(méi)有結(jié)果不構(gòu)成偷稅，反之，只有結(jié)果沒(méi)有行為的，同樣不構(gòu)成偷稅。而不繳或少繳稅款的后果的時(shí)間界限是以稅收法律、行政法規(guī)規(guī)定或稅務(wù)機(jī)關(guān)依照稅收法律、行政法規(guī)確定的期限的最后一天為界。根據(jù)《企業(yè)所得稅暫行條例》第十五條的規(guī)定：“繳納企業(yè)所得稅，按年計(jì)算，分月或者分季予繳。月份或者季度終了后十五日內(nèi)預(yù)繳，年度終了后四個(gè)月內(nèi)匯算清繳，多退少補(bǔ)�！倍髽I(yè)所得稅應(yīng)當(dāng)在年度終了四十五日內(nèi)申報(bào)。也就是說(shuō)，企業(yè)所得稅的納稅申報(bào)與企業(yè)所得稅的繳納上有一個(gè)時(shí)間差的問(wèn)題。
由此，對(duì)上述違法行為的處罰上應(yīng)依法作如下處理：
一、對(duì)企業(yè)的查增所得額涉及應(yīng)當(dāng)納稅的，應(yīng)當(dāng)區(qū)分兩種情況：
1、對(duì)上述查增所得額涉及納稅且在四月底以前未繳納的。因納稅人的自行申報(bào)應(yīng)納稅款與稅務(wù)機(jī)關(guān)依法調(diào)整后計(jì)算應(yīng)納稅款之間產(chǎn)生差異，屬“虛假申報(bào)”行為，符合偷稅的第一個(gè)條件；在企業(yè)所得稅規(guī)定的期限即四月底以前未繳即形成不繳或少繳稅款的事實(shí)即符合偷稅的第二個(gè)條件。所以是偷稅。納稅人偷稅的，除追繳稅款、滯納金（5月1日起計(jì)算）外，并處所偷稅款的百分之五十以上五倍以下的罰款，構(gòu)成犯罪的，依法移交司法機(jī)關(guān)處理。
2、對(duì)上述查增所得額涉及納稅且在四月底以前已繳納的。雖然納稅人應(yīng)納稅款已在法律規(guī)定的期限內(nèi)繳納，但納稅人的企業(yè)所得稅的申報(bào)失實(shí)。對(duì)此可以說(shuō)是一種 “虛假申報(bào)”行為，也可以說(shuō)是一種“編造虛假計(jì)稅依據(jù)”行為。但在什么情況下按虛假申報(bào)，什么情況下按編造虛假計(jì)稅依據(jù)？這應(yīng)視納稅人是否造成不繳或少繳稅款的后果，納稅人的不如實(shí)申報(bào)行為但最終的結(jié)果并未造成不繳或少繳稅款甚至于多繳稅款的，屬“編造虛假計(jì)稅依據(jù)”行為，應(yīng)當(dāng)依據(jù)《稅收征管法》第六十四條規(guī)定處理，即由稅務(wù)機(jī)關(guān)責(zé)令限期改正，并處五萬(wàn)元以下的罰款。
二、對(duì)查增所得額不涉及補(bǔ)稅，但對(duì)納稅人的自行申報(bào)的應(yīng)納稅所得額與稅務(wù)機(jī)關(guān)依法作出的納稅調(diào)整后的應(yīng)納稅所得額之間產(chǎn)生差異，也同樣屬“編造虛假計(jì)稅依據(jù)”行為，同樣應(yīng)當(dāng)依法處罰。