財政性資金的支付實行財政直接支付和財政授權(quán)支付兩種方式。其中，財政直接支付是指由財政部向中國人民銀行和代理銀行簽發(fā)支付指令，代理銀行根據(jù)支付指令通過國庫單一賬戶體系將資金直接支付到收款人或用款單位賬戶；財政授權(quán)支付是指預(yù)算單位按照財政部的授權(quán)，自行向代理銀行簽發(fā)支付指令，代理銀行根據(jù)支付指令，在財政部批準(zhǔn)的預(yù)算單位的用款額度內(nèi)，通過國庫單一賬戶體系將資金支付到收款人賬戶。
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