當前，我國農(nóng)戶手中一般沒有從稅務機關獲得的銷售發(fā)票，也無法向農(nóng)產(chǎn)品收購企業(yè)提供銷售發(fā)票，農(nóng)產(chǎn)品收購的普遍做法是農(nóng)產(chǎn)品加工企業(yè)從稅務機關領取農(nóng)產(chǎn)品收購專用發(fā)票，按收購數(shù)量和金額自開發(fā)票入賬。這種做法雖然簡便，但也存在著先天不足和漏洞。
一、農(nóng)產(chǎn)品收購加工企業(yè)利用多開農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票獲得非法的收益。
1、增值稅進項稅額一般是以農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票金額的10％計算，多開收購發(fā)票或發(fā)票金額，就可以多計算增值稅進項稅額，以至達到少交或不交增值稅的目的。有加工出口權的企業(yè)，多開收購發(fā)票，不僅可以少交增值稅，還能多享受國家的出口退稅，事實上給國家造成了不小的稅收損失。
2、多開收購發(fā)票或發(fā)票金額可以增加企業(yè)的成本和費用，達到少計算利潤、少交所得稅的目的。因多開收購發(fā)票，必須沖銷這些多出來的材料成本，在計算結轉生產(chǎn)成本、產(chǎn)成品成本、銷售成本時必然造成成本核算上的虛增，結果利潤被人為地減少了。
3、因多開收購發(fā)票，必然造成企業(yè)現(xiàn)金的減少，這部份現(xiàn)金到哪里去了？自然是到了企業(yè)負責人或收購人的腰包里去了，看看：個人所得稅也不用交了。再用這些錢給職工發(fā)發(fā)福利，誰還會檢舉揭發(fā)自已的老板呢？
二、堵住稅收征管上的漏洞，減少國家稅收損失根據(jù)當前情況看，要想完全杜絕此類事情的發(fā)生，困難是比較大的，能夠采取的有效監(jiān)管措施是有限的。
1、由農(nóng)戶開票，農(nóng)戶銷售自產(chǎn)農(nóng)產(chǎn)品時，由企業(yè)或農(nóng)戶到當?shù)囟悇諜C關申請，由當?shù)囟悇諜C關開票。以前部份地區(qū)也規(guī)定過這種做法，但效果不明顯。這樣做一方面增加了稅收成本，加大了稅務人員的核實責任，另一方面，難以保證稅務人員不會和收購企業(yè)串通一氣，也不能避免稅務人員故意和農(nóng)戶、收購企業(yè)過不去，結果最終是農(nóng)戶的利益受損，農(nóng)業(yè)發(fā)展受到影響。這種做法事實上已經(jīng)放棄了。
2、加強會計核算，加強存貨倉儲管理，收購要提供入庫單，發(fā)出要提供出庫單。但是，如果企業(yè)購貨、倉庫、生產(chǎn)、財務幾方聯(lián)手操作，通過票轉的方法，除非有內(nèi)部人員揭發(fā)，一般可以避免檢查人員發(fā)現(xiàn)其中存在的問題。
3、通過對企業(yè)生產(chǎn)流程進行監(jiān)控，或對比同行的利潤率、全國農(nóng)產(chǎn)品價格，反計算出企業(yè)的購銷存情況，也可以大體測算出企業(yè)收購農(nóng)產(chǎn)品的數(shù)量和金額。但這種做法要配備專門人才，無形中增加了稅收征收成本，而且農(nóng)產(chǎn)品保質期較短，在使用中損耗較大，也無法精確計量出企業(yè)存貨的真實情況。
4、對農(nóng)產(chǎn)品收購，目前可以采取的做法是加強企業(yè)信用管理和加大處罰力度。
企業(yè)應在農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票上注明農(nóng)戶的姓名、身份證號碼、聯(lián)系地址、聯(lián)系方式。這幾項內(nèi)容不全的發(fā)票不得入賬，不得計算抵扣增值稅。這種要求一是要求企業(yè)根據(jù)真實的業(yè)務進行會計核算，二是為稅務稽查提供便利，各地稅務部門可以通過相互協(xié)查的方式掌握企業(yè)的購銷狀況和信用程度。
同時，加大處罰力度。通過各地稅務部門的協(xié)查，發(fā)現(xiàn)企業(yè)有虛開收購發(fā)票行為的，一是收繳企業(yè)剩余的農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票，不再發(fā)放農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票，二是當年企業(yè)的收購發(fā)票均視為無效發(fā)票，不得計算進項稅額抵扣增值稅，在計算應納稅所得額時進行納稅調(diào)整。這樣在處理一兩家企業(yè)之后，讓所有企業(yè)都意識至虛開發(fā)票的嚴重后果。
在一些企業(yè)每年的年度審計報告中，注冊會計師一般都對農(nóng)產(chǎn)品收購加工企業(yè)的存貨提出了保留意見，存貨稅收管理上的漏洞已經(jīng)給國家造成了相當大的損失，正視這些問題，找到合理合法的措施已經(jīng)成為當務之急。
