《國家稅務總局關(guān)于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發(fā)〔2008〕28號）第二條規(guī)定，居民企業(yè)在中國境內(nèi)跨地區(qū)（指跨省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市，下同）設(shè)立不具有法人資格的營業(yè)機構(gòu)、場所（以下稱分支機構(gòu)）的，該居民企業(yè)為匯總納稅企業(yè)（以下稱企業(yè)），除另有規(guī)定外，適用本辦法。
因而，對于實行匯總繳納方式的企業(yè)是指在同一法人主體下，在境內(nèi)跨地區(qū)設(shè)立了不具有法人資格的機構(gòu)或者場所的情況下，需要按照國稅發(fā)〔2008〕28號文件相關(guān)規(guī)定進行匯總繳納。
第三條規(guī)定，企業(yè)實行“統(tǒng)一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調(diào)庫”的企業(yè)所得稅征收管理辦法。
第四條規(guī)定，統(tǒng)一計算，是指企業(yè)總機構(gòu)統(tǒng)一計算包括企業(yè)所屬各個不具有法人資格的營業(yè)機構(gòu)、場所在內(nèi)的全部應納稅所得額、應納稅額。
第六條規(guī)定，就地預繳，是指總機構(gòu)、分支機構(gòu)應按本辦法的規(guī)定，分月或分季分別向所在地主管稅務機關(guān)申報預繳企業(yè)所得稅。
第七條規(guī)定，匯總清算，是指在年度終了后，總機構(gòu)負責進行企業(yè)所得稅的年度匯算清繳，統(tǒng)一計算企業(yè)的年度應納所得稅額，抵減總機構(gòu)、分支機構(gòu)當年已就地分期預繳的企業(yè)所得稅款后，多退少補稅款。
因而，對于總分機構(gòu)的匯總繳納是按同一法人主體進行統(tǒng)一計算企業(yè)所得稅，只是在季度時分支機構(gòu)需要按照國稅發(fā)〔2008〕28號文件中相關(guān)規(guī)定在所在地進行預繳企業(yè)所得稅，但這部分預繳的企業(yè)所得稅可以在年終與總機構(gòu)統(tǒng)一匯算時抵減總機構(gòu)應繳企業(yè)所得稅。
根據(jù)以上規(guī)定，簡單理解就是匯總繳納適用于總、分企業(yè)之間納稅；合并繳納適用于母子公司之間納稅。只要是總、分支企業(yè)關(guān)系，可直接按《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法》規(guī)定，實行"統(tǒng)一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調(diào)庫"的企業(yè)所得稅征收管理辦法計算繳納稅款。而母子公司之間實現(xiàn)合并納稅，必須經(jīng)國務院批準，執(zhí)行“統(tǒng)一計算、分級管理、就地預交、集中清算”的匯總納稅辦法計算繳納稅款。
目前總機構(gòu)在年終匯算清繳企業(yè)所得稅時，其利潤總額并不是單個分支機構(gòu)利潤總額簡單相加，而是總、分企業(yè)會計報告的并表。也可以理解扣減掉內(nèi)部抵消利潤后確定。就是將整個企業(yè)視為一個企業(yè)核算。