1、出口發(fā)票開具時間問題
出口發(fā)票是出口企業(yè)辦理退稅的一個重要單證。出口退稅要求企業(yè)提供的是稅務(wù)機關(guān)監(jiān)制的出口發(fā)票，增值稅專用發(fā)票及出口發(fā)票的開具時限要求在該筆出口貨物的出口退（免）稅申報期限前開具。
2、出口企業(yè)銷售處理問題
�。�1）外貿(mào)企業(yè)在貨物出口時，應(yīng)在貨物報關(guān)出口的當(dāng)月做銷售處理（月底結(jié)帳后出口的貨物可在次月做銷售處理）。
�。�2）生產(chǎn)企業(yè)產(chǎn)品按FOB價出口的，應(yīng)在貨物報關(guān)出口的當(dāng)月做銷售處理；按CIF價出口的，應(yīng)在貨物報關(guān)出口并能準(zhǔn)確確認(rèn)出口報關(guān)單所注明的國外運費、保險費、傭金后做銷售處理。
3、外貿(mào)企業(yè)國內(nèi)采購原料加工出口問題
目前外貿(mào)企業(yè)出口方式呈現(xiàn)新的特點，即在國內(nèi)購料、委托生產(chǎn)加工后再出口。這種方式的特點是出口貨物名稱與企業(yè)在申報退稅時所提供的增值稅專用發(fā)票上的貨物名稱不符，且一張報關(guān)單對應(yīng)多張發(fā)票。從這種方式已退稅申報情況看，存在加工合同簡單、發(fā)票開具不規(guī)范等問題。為規(guī)范管理，明確如下要求；
�。�1）企業(yè)在申報退稅時，必須同時提供主料與加工費的增值稅專用發(fā)票，如兩者中只能提供一張增值稅專用發(fā)票（主料或加工費），將按單證不齊予以征稅。
�。�2）企業(yè)在申報退稅時，提供的原料購銷合同和委托加工合同內(nèi)容要詳細(xì)、規(guī)范。即購進原料在購銷合同上要有詳細(xì)的數(shù)量、單價、金額、結(jié)算方式、運輸方式等；委托加工合同必須注明單耗、損耗以及所提供料件和加工成品的數(shù)量等。
�。�3）國內(nèi)購料、委托生產(chǎn)加工后出口商品的換匯成本不能高于出口匯率。如出現(xiàn)換匯成本高的問題，按第三條規(guī)定調(diào)整后計算退稅額。
�。�4）國內(nèi)購料、委托生產(chǎn)加工后出口商品分別是按原料和加工商品的退稅率辦理退稅，對原料與出口商品的退稅率一致的，可統(tǒng)一按出口商品的退稅率辦理退稅。為確保退稅率使用的準(zhǔn)確性，出口企業(yè)在退稅申報時必須提供原料的出口商品編碼，以便退稅機關(guān)查詢和確定退稅率。
4、外貿(mào)企業(yè)報關(guān)單涉及征稅問題
外貿(mào)企業(yè)出口的報關(guān)單上有兩筆以上貨物同時出口，既有應(yīng)退稅貨物，又有應(yīng)征稅貨物。為確保應(yīng)征稅貨物不出現(xiàn)稅收漏洞，要求出口企業(yè)在申報出口退稅時，應(yīng)同時提供應(yīng)征稅貨物完稅憑證或計提銷項稅財務(wù)處理的原始憑證（復(fù)印件）。
5、外貿(mào)企業(yè)增值稅發(fā)票取得問題
外貿(mào)企業(yè)取得的增值稅專用發(fā)票是辦理出口退稅的主要單證。按照增值稅專用發(fā)票開具時限的稅收規(guī)定，供貨企業(yè)應(yīng)在貨物發(fā)出的當(dāng)天開具發(fā)票。由于外貿(mào)企業(yè)資金、貨物質(zhì)量等問題，發(fā)票開具滯后的問題比較突出�？紤]到外貿(mào)企業(yè)出口經(jīng)營特殊性，以及出口退稅申報“90日”的時間要求，外貿(mào)企業(yè)必須在貨物報關(guān)出口之日90日以內(nèi)取得增值稅發(fā)票，即增值稅發(fā)票開具日期在出口報關(guān)單“出口日期”之日起90日以內(nèi)，對超過90日開具的發(fā)票，將按單證逾期不予辦理退稅。
6、生產(chǎn)企業(yè)取得非自產(chǎn)產(chǎn)品進出口經(jīng)營權(quán)問題
生產(chǎn)企業(yè)出口退稅的產(chǎn)品是自己生產(chǎn)加工的產(chǎn)品，對非自產(chǎn)產(chǎn)品執(zhí)行的是征稅的政策規(guī)定。目前，雖然工商及外經(jīng)貿(mào)部門允許生產(chǎn)企業(yè)從事非自產(chǎn)產(chǎn)品的進出口業(yè)務(wù)，但生產(chǎn)企業(yè)上述政策規(guī)定并沒有變化，如企業(yè)出口非自產(chǎn)產(chǎn)品需做繳稅處理。
7、出口企業(yè)逾期申報處理問題
出口企業(yè)將貨物報關(guān)出口后，應(yīng)在滿“90日”后的申報期內(nèi)申報退稅。對有特殊原因不能按期申報,但符合延期申報規(guī)定的企業(yè)，經(jīng)市局審批后最多可延期三個月申報。對辦理延期申報的出口企業(yè)，必須在申報期內(nèi)先按規(guī)定做銷售處理并進行納稅申報、出口退稅申報（做單證不齊標(biāo)志）后方可辦理延期申請。對未按上述規(guī)定處理的出口企業(yè)，不予審批延期手續(xù)。