補充養(yǎng)老保險、補充醫(yī)療保險是在基本養(yǎng)老保險、基本醫(yī)療保險的基礎上，政府以政策指導和政策優(yōu)惠為導向，用工單位和員工共同出資，以資金積累和運作增值為主要特征，以提高出資單位員工的養(yǎng)老待遇為主要特點的社會保險的重要組成部分。由于補充養(yǎng)老保險的特點，因此其繳納方式比較靈活，可以由單位根據(jù)自身效益決定，根據(jù)不同的比例要求報有關(guān)部門備案或者批準即可。
一、補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費的企業(yè)所得稅處理
《企業(yè)所得稅法實施條例》規(guī)定，企業(yè)為投資者或者職工支付的補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費，在國務院財政、稅務主管部門規(guī)定的范圍和標準內(nèi)，準予扣除。進而《財政部國家稅務總局關(guān)于補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費有關(guān)企業(yè)所得稅政策問題的通知》（財稅[2009]27號）規(guī)定，自2008年1月1日起，企業(yè)根據(jù)國家有關(guān)政策規(guī)定，為在本企業(yè)任職或者受雇的全體員工支付的補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費，分別在不超過職工工資總額5%標準內(nèi)的部分，在計算應納稅所得額時準予扣除；超過的部分，不予扣除。與《國家稅務總局關(guān)于執(zhí)行需要明確的有關(guān)所得稅問題的通知》（國稅發(fā)[2003]45號）的不同點有：
一是支付的對象不同。老政策規(guī)定支付補充養(yǎng)老保險費和補充醫(yī)療保險費的對象是全體雇員，新政策規(guī)定的對象為投資者或者職工。
二是規(guī)定支付標準的權(quán)限主體不同。老政策規(guī)定按國務院或省級人民政府規(guī)定的范圍或標準執(zhí)行，新政策規(guī)定按國務院財政、稅務主管部門規(guī)定的范圍或標準執(zhí)行，將省級人民政府規(guī)定的權(quán)限廢除，避免全國各地執(zhí)行標準不一致。
1．補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費的計算基數(shù)。補充養(yǎng)老保險、補充醫(yī)療保險以職工工資總額為基數(shù)。按照《國家稅務總局關(guān)于企業(yè)工資薪金及職工福利費扣除問題的通知》（國稅函[2009]3號）第二條規(guī)定，工資薪金總額是指企業(yè)按照本通知第一條規(guī)定實際發(fā)放的工資薪金總和，不包括企業(yè)的職工福利費、職工教育經(jīng)費、工會經(jīng)費以及養(yǎng)老保險費、醫(yī)療保險費、失業(yè)保險費、工傷保險費、生育保險費等社會保險費和住房公積金。屬于國有性質(zhì)的企業(yè)，其工資薪金，不得超過政府有關(guān)部門給予的限定數(shù)額；超過部分，不得計入企業(yè)工資薪金總額，也不得在計算企業(yè)應納稅所得額時扣除。該通知第一條規(guī)定，所謂合理工資薪金，是指企業(yè)按照股東大會、董事會、薪酬委員會或相關(guān)管理機構(gòu)制訂的工資薪金制度規(guī)定實際發(fā)放給員工的工資薪金。因此，財稅[2009]27號文件中的工資總額應該等同于國稅函[2009]3號文件中的工資薪金總額，其計算口徑應該和計算職工福利費支出、職工教育經(jīng)費支出、工會經(jīng)費支出所用的工資薪金總額一樣，都是按企業(yè)實際發(fā)放的工資薪金總額�！�國家稅務總局關(guān)于（中華人民共和國企業(yè)所得稅年度納稅申報表>的補充通知》（國稅函[2008]1081號）的，“附表三《納稅調(diào)整項目明細表》填報說明”規(guī)定，“工資薪金支出”：第1列“賬載金額”填報納稅人按照國家統(tǒng)一會計制度規(guī)定計入成本費用的職工工資、獎金、津貼和補貼。第2列“稅收金額”填報納稅人按照稅收規(guī)定允許稅前扣除的工資薪金。如本行第1列≥第2列，第1列減去第2列的差額填入第3列“調(diào)增金額”；如本行第1列<第2列，第2列減去第1列的差額填入第4列“調(diào)增金額”。
2．執(zhí)行時間銜接涉稅問題。財稅[2009]27號文件的執(zhí)行起始日為2008年1月1日，而該文件的發(fā)文日期是2009年6月2日，已過匯算清繳期，納稅人無法在匯算清繳時執(zhí)行，只能在匯算清繳期過后再按規(guī)定重新計算2008年度稅款，根據(jù)《稅收征收管理法》第五十二條規(guī)定，因稅務機關(guān)的責任，致使納稅人、扣繳義務人未繳或者少繳稅款的，稅務機關(guān)在三年內(nèi)可以要求納稅人、扣繳義務人補繳稅款，但是不得加收滯納金，因此，如果納稅人因財稅[2009]27號文件規(guī)定而涉及多繳稅款的，納稅人可以按規(guī)定向稅務機關(guān)要求退還多繳的稅款并加算銀行同期存款利息；如果納稅人因財稅[2009]27號文件規(guī)定而涉及補繳稅款的，稅務機關(guān)可以要求納稅人補繳稅款，但不得加收滯納金。
3．企業(yè)只為少數(shù)職工支付補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費扣除問題。企業(yè)只為少數(shù)職工支付的補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費，能否在計算應納稅所得額對準予扣除？根據(jù)財稅[2009]27號文件的規(guī)定：“自2008年1月1日起，企業(yè)根據(jù)國家有關(guān)政策規(guī)定，為在本企業(yè)任職或者受雇的全體員工支付的補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費，分別在不超過職工工資總額5%標準內(nèi)的部分，在計算應納稅所得額時準予扣除；超過的部分，不予扣除。”根據(jù)上述規(guī)定，“本企業(yè)任職或者受雇的全體員工”支付的補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費，分別在不超過職工工資總額5%標準內(nèi)的部分，在計算應納稅所得額時準予扣除。如果不是全體員工都參加補充養(yǎng)老保險、補充醫(yī)療保險，那么就不能使用職工工資總額作為扣除基數(shù)。
【例】振興股份公司2009年為職工實際支付的工資薪金總額為500萬元，均系合理的工資薪金支出。該企業(yè)2009年按工資薪金總額的7%為職工支付補充養(yǎng)老保險費、按工資薪金總額的3%為職工支付補充醫(yī)療保險費。即支付補充養(yǎng)老保險費35萬元，支付補充醫(yī)療保險費15萬元。按照財稅[2009]27號文件的規(guī)定，該公司在計算應納稅所得額時允許稅前扣除的補充養(yǎng)老保險費和補充醫(yī)療保險費限額均為25萬元（500×5%）。補充養(yǎng)老保險超標10萬元，補充醫(yī)療保險不超標，可以扣除15萬元，因此，該公司2009年應調(diào)增應納稅所得額10萬元。
二、補充醫(yī)療保險金、補充養(yǎng)老保險金的個人所得稅處理
依據(jù)《個人所得稅法》及《財政部 國家稅務總局關(guān)于住房公積金、醫(yī)療保險金、養(yǎng)老保險金征收個人所得稅問題的通知》（財稅字[1997]144號）規(guī)定：“企業(yè)和個人按照國家或地方政府規(guī)定的比例提取并向指定金融機構(gòu)實際繳付的住房公積金、醫(yī)療保險金、基本養(yǎng)老保險金不計人個人當月的工資、薪金收入，免征個人所得稅。超過國家或地方政府規(guī)定的比例繳付的住房公積金、醫(yī)療保險金、基本養(yǎng)老保險金，應將其超過部分計入個人當月的工資、薪金收入，計征個人所得稅。”《國家稅務總局關(guān)于企業(yè)發(fā)放補充養(yǎng)老保險金征收個人所得稅問題的批復》（國稅函[1999]615號）中也明確規(guī)定：“對職工取得的補充養(yǎng)老保險金應全部計入發(fā)放當月個人的工資、薪金收入，合并計征個人所得稅。”即根據(jù)現(xiàn)行的《個人所得稅法》的規(guī)定，單位為職工繳納的基本養(yǎng)老保險、基本醫(yī)療保險可在稅前扣除，但是單位為職工繳納的補充養(yǎng)老保險、補充醫(yī)療保險必須在稅后扣除。
三、補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費的會計處理
從薪酬的本質(zhì)出發(fā)，現(xiàn)行會計準則規(guī)定，職工薪酬是指企業(yè)為獲得職工提供的服務而給予的各種形式的報酬以及其他相關(guān)支出，也即凡是企業(yè)為獲得職工提供的服務所給予或付出的所有代價（對價），均構(gòu)成職工薪酬。因此補充養(yǎng)老保險、補充醫(yī)療保險是職工薪酬核算的范疇，在“應付職工薪酬”科目下可設“補充社會保險費”明細科目，補充養(yǎng)老保險、補充醫(yī)療保險不是工資總額的組成部分，只是以工資總額作為計算依據(jù)，并不是企業(yè)的人工費用，不屬于生產(chǎn)成本中的直接人工，所以應該作為期間費用，直接記入“管理費用”科目。職工個人負擔的補充保險費，由企業(yè)代扣代繳，從職工工資中代扣時，借記“應付職工薪酬”科目，貸記“其他應付款——職工個人保險費”科目。