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在建工程的進度款支付方式主要有以下幾種：
1. 按照工程進度支付：根據工程進度完成情況支付進度款，一般按照工程量清單或者合同約定的進度比例支付，如30%、50%、70%等。
2. 按照工程階段支付：根據工程完成的階段支付進度款，一般按照工程設計、招標、施工、竣工等階段支付。
3. 按照工程質量支付：根據工程質量驗收情況支付進度款，一般按照驗收合格的工程量支付。
4. 按照材料采購進度支付：根據工程材料采購進度支付進度款，一般按照材料采購進度完成情況支付。

在核算進度款支付時，應按照以下步驟進行：
1. 根據支付方式確定進度款支付比例。
2. 根據工程實際完成情況計算應支付的進度款金額。
3. 將支付的進度款金額記入在建工程賬戶中，同時記入應付賬款中。
4. 根據實際支付的進度款金額，計算并確認在建工程的成本。
5. 在建工程完工后，將在建工程賬戶中的金額轉入固定資產賬戶中，同時將應付賬款轉入應付賬款賬戶中。