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是的，乙公司可以在申報(bào)個稅時(shí)扣除其個人社保部分，以及按工資薪金申報(bào)。根據(jù)國家稅務(wù)總局實(shí)施的《企業(yè)所得稅專項(xiàng)附加扣除暫行辦法》，用工單位承擔(dān)了職工個人繳納的社會保險(xiǎn)費(fèi)、住房公積金等，符合條件的用工單位可以享受企業(yè)所得稅專項(xiàng)附加扣除，即可以把扣除的費(fèi)用，按一定的比例由企業(yè)所得稅以外計(jì)入其企業(yè)所得稅所得額。因此，乙公司可以在申報(bào)個稅時(shí)扣除其個人社保部分，按工資薪金申報(bào)。 此外，納稅人在繳納個人所得稅時(shí)，如果滿足相關(guān)條件，還可以適用新個稅法實(shí)施后規(guī)定的財(cái)政部門確定政策性稅收優(yōu)惠政策，例如稅率減讓、抵扣等，以形成更豐富的稅收減免政策，減輕納稅人的稅負(fù)壓力。