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根據(jù)現(xiàn)行的增值稅政策，總公司向門店配送藥品是否需要繳納增值稅取決于兩者是否屬于同一市縣以及是否經(jīng)過相關財政、稅務部門的特別批準。具體分析如下： 1. **不同市縣獨立納稅人**：如果總公司與分公司（即門店）位于不同的市縣，并且各自作為獨立的增值稅納稅人進行納稅申報，那么在總公司向分公司配送貨物時通常應視為銷售行為，需要依法繳納增值稅。 2. **同一市縣內部移庫**：如果總公司和門店位于同一市縣，并且作為一個統(tǒng)一的納稅主體進行增值稅申報，那么總公司向門店配送貨物可以視作內部移庫處理，不需要繳納增值稅。 3. **特殊批準情況**：在一些特殊情況下，企業(yè)可能會獲得稅務機關會同財政部門的審批，允許總店向所在地主管稅務機關統(tǒng)一申報繳納增值稅。在這種情況下，即使總公司和門店處于不同市縣，也可以視作同一納稅主體，其間的貨物移送可能不需要繳納增值稅。 4. **跨區(qū)域連鎖經(jīng)營模式**：對于跨地區(qū)經(jīng)營的連鎖企業(yè)，可以設置地區(qū)總部并在非總部所在地區(qū)或城市實行“總部——地區(qū)總部——分店”的管理模式。此時，總部對地區(qū)總部的商品配送將作為銷售處理，并由總部統(tǒng)一核算，統(tǒng)一向總部所在地主管稅務機關申報、繳納增值稅。 綜上所述，您所在的杏林醫(yī)藥公司如果是在不同市縣運營，并且門店和總公司是作為不同納稅主體的話，那么總公司向門店配送藥品一般需要繳納增值稅。但如果總公司與門店在同一市縣且為同一納稅主體，或者有特別批準的情況，則該環(huán)節(jié)可能無需繳納增值稅。