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根據(jù)《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》及其實施細(xì)則的規(guī)定，房地產(chǎn)開發(fā)公司在土地增值稅清算時，可以按照實際支付的金額扣除相關(guān)的成本費用。這些成本費用包括取得土地使用權(quán)所支付的金額、房地產(chǎn)開發(fā)成本、房地產(chǎn)開發(fā)費用、與轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)有關(guān)的稅金以及其他扣除項目。 在清算過程中，如果房地產(chǎn)開發(fā)公司未一并主張違約金及罰款，那么這些違約金和罰款不應(yīng)該被納入土地增值稅的扣除范圍。因此，土地增值稅清算時的扣除應(yīng)該按照實際支付的金額來進(jìn)行，而不是減去應(yīng)該主張而未實際主張的違約金和罰款后的余額。 如果房地產(chǎn)開發(fā)公司在銷售過程中發(fā)生了違約行為，需要支付違約金或罰款，那么這些費用應(yīng)該被視為與銷售有關(guān)的費用，而不是與取得土地使用權(quán)或房地產(chǎn)開發(fā)成本等直接相關(guān)的費用。因此，這些費用也不應(yīng)該被納入土地增值稅的扣除范圍。