1.出租房屋稅負(fù)較高。
其稅種及稅率為：營(yíng)業(yè)稅3%～5%、房產(chǎn)稅4%～12%、城市建設(shè)維護(hù)稅0.7%、教育費(fèi)附加3%，個(gè)人所得稅10%～20%，印花稅1‰，不計(jì)地方性的各種收費(fèi)，總體稅率就近30%，如果加上土地使用稅等則更高。出租房屋行業(yè)涉及稅種之多、總體稅率之高，給征管工作加大了難度。
2.房屋租賃關(guān)系及租金難以確定。
房屋出租行為一般十分隱蔽，房屋出租戶(hù)、承租人往往只是口頭商定租賃關(guān)系，沒(méi)有規(guī)范的文書(shū)和賬據(jù)，這是征管難的重要原因之一。
3.房產(chǎn)稅征收形式存在問(wèn)題。
目前我國(guó)房產(chǎn)稅主要有兩種征收形式，從價(jià)（價(jià)值）計(jì)征和從租（租金）計(jì)征。從價(jià)計(jì)征是依照房產(chǎn)原值一次減除10％~30％后的余值為計(jì)稅依據(jù)，稅率為1.2%.從租計(jì)征是以房屋出租取得的租金收入為計(jì)稅依據(jù)，稅率為12%.以房產(chǎn)原值作為計(jì)稅依據(jù)，存在稅收收入與房地產(chǎn)價(jià)值背離問(wèn)題；而從租計(jì)征又難以把握實(shí)際租金。
4.部門(mén)之間沒(méi)有構(gòu)建協(xié)作機(jī)制。
目前與房屋出租管理有關(guān)的部門(mén)有公安、外來(lái)人口管理、街道、居委會(huì)、房管局和稅務(wù)機(jī)關(guān)等，但是各部門(mén)之間缺乏行之有效的協(xié)作配合，不能形成齊抓共管的合力。