我國目前已經建立了基本和補充社會保險以及住房公積金制度。各項基本和補充社會保險以及住房公積金先后都已出臺了具體的會計和稅務處理辦法，但補充住房公積金的處理一直沒有明確。以下筆者結合實務中的一些做法和有關文件規(guī)定，對其會計和稅務處理作一分析。
會計處理
會計實務中主要有以下兩種意見：
1.參照《關于企業(yè)住房制度改革中有關財務處理問題的通知》和《企業(yè)住房制度改革中有關會計處理問題的規(guī)定》兩個文件對住房公積金會計處理的規(guī)定，將單位負擔的補充住房公積金記入“管理費用”。
2.參照補充養(yǎng)老保險和補充醫(yī)療保險的會計處理，首先計入“應付福利費”，應付福利費不足列支部分再計入成本（費用）。根據《財政部關于企業(yè)為職工購買保險有關財務處理問題的通知》，補充醫(yī)療保險和非試點地區(qū)企業(yè)繳納的補充養(yǎng)老保險，所需費用在工資總額4%以內的部分，從應付福利費中列支，應付福利費不足部分作為勞動保險費直接列入成本（費用）。試點地區(qū)企業(yè)提取額在工資總額4%以內的補充養(yǎng)老保險直接作為勞動保險費列入成本（費用）。
筆者意見更傾向于第一種做法，即單位負擔的補充住房公積金應直接作為勞動保險費列入成本（費用）。其理由是，實際中補充住房公積金的計提比例一般不但遠高于工資總額的4%，一些單位甚至遠高于應付福利費的計提比例14%，而目前已明確在“應付福利費”中列支的基本和補充醫(yī)療保險、補充養(yǎng)老保險的比例之和就已幾乎達到工資總額的14%，且“應付福利費”還有其他支付內容，如果再列支補充住房公積金，必將使“應付福利費”形成巨額的赤字。在各項補充保險從“應付福利費”列支但不得使“應付福利費”發(fā)生赤字的前提下，要求補充住房公積金也在“應付福利費”中列支顯然是不現(xiàn)實的。
那么如何將單位負擔的補充住房公積金作為勞動保險費列入成本（費用）呢？實務中也存在著不同的理解。一種意見認為，應當根據員工所在部門的不同，將其分別計入產品成本和期間費用；另一種意見認為，應當全部作為期間費用計入當期損益。筆者意見更傾向于后者：首先，補充住房公積金是按工資總額的一定比例計提的，其本身并非工資總額的構成部分；其次，產品成本項目中的人工費用一般只包括企業(yè)向職工支付的工資和按工資總額計提的應付福利費，而補充住房公積金是企業(yè)繳納的一項費用，與企業(yè)向職工支付的人工費用顯然是不同的；此外，如果將補充住房公積金計入有關資產的成本，在期末有關存貨尚未銷售或者固定資產尚未處置時，還會虛增期末相關資產成本和當期利潤，這不符合會計核算的謹慎性原則�；诖�，筆者以為，企業(yè)繳納的補充住房公積金應全部作為期間費用計入當期損益。
當然，根據新會計準則，企業(yè)為職工繳納的各項社會保險費和住房公積金，應按職工薪酬處理，并根據職工提供服務的受益對象，分別計入有關資產成本和當期費用。但由于新準則只是從2007年開始在上市公司施行，因此作為非上市公司的企業(yè)發(fā)生的補充住房公積金，還是應該按以上所述進行會計處理。
企業(yè)所得稅處理
根據國家規(guī)定按工資總額一定比例為職工繳納的住房公積金，可在稅前扣除；超過規(guī)定標準繳納或發(fā)放的住房公積金等，一律作為工資、薪金支出，超過計稅工資標準的部分，不得在稅前扣除。實際上有能力建立補充住房公積金的單位，其繳納的基本住房公積金往往都已達到甚至超過了國家規(guī)定的標準，所以其為職工繳納的補充住房公積金一般都應按工資、薪金支出處理。如果是外資企業(yè)，當然可以全額扣除；如果是內資企業(yè)，由于目前存在多種不同的工資、薪金稅前扣除形式，如有的實行限額扣除，有的按工效掛鉤辦法扣除，而符合條件的軟件企業(yè)等又可全額扣除。因此內資企業(yè)補充住房公積金的稅前扣除，應考慮企業(yè)工資、薪金的稅前扣除形式以及包括補充住房公積金的工資、薪金是否超過了有關標準，分別作不同的處理。
個人所得稅處理
新修訂的《個人所得稅法》及其實施條例和《關于基本養(yǎng)老保險費基本醫(yī)療保險費、失業(yè)保險費、住房公積金有關個人所得稅政策的通知》中，并未提及補充住房公積金的處理。但對可在個人所得稅前扣除的住房公積金的計提基數和比例都作了明確的規(guī)定，計提基數為不超過職工所在城市上一年度月平均工資的3倍，計提比例為12%以內。單位和個人超過上述規(guī)定比例和標準繳付的住房公積金，應將超過部分并入個人當期的工資、薪金收入，計征個人所得稅。據此，如果補充住房公積金與基本住房公積金之和超過了上述標準，則應作為個人工資、薪金所得計征個人所得稅。