根據(jù)《國家稅務總局關于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發(fā)[2006]187號）規(guī)定，從2007年2月1日起，稅務機關對符合條件的納稅人開展土地增值稅清算工作。筆者結合工作實踐，就土地增值稅清算過程中應注意的事項歸納如下：
一、印花稅扣除常見錯誤做法：
在計算扣除額時，將印花稅作為“與轉讓房地產(chǎn)有關的稅金”進行扣除，造成了印花稅的重復扣除。
【正確做法】：印花稅應列入企業(yè)的管理費用進行扣除，不再計入“與轉讓房地產(chǎn)有關的稅金”中扣除。
【政策解析】：《財政部 國家稅務總局關于土地增值稅-些具體問題規(guī)定的通知》（財稅[1995]48號）規(guī)定：“細則中規(guī)定允許扣除的印花稅，是指在轉讓房地產(chǎn)時繳納的印花稅。房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)按照《施工、房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)財務制度》的有關規(guī)定，其繳納的印花稅列入管理費用，已相應予以扣除。”
二、評估費用扣除常見錯誤做法：
將評估費用一律計入扣除項目。
正確做法：視納稅人是否隱瞞、虛報房地產(chǎn)成交價格等隋形而決定是否予以扣除。
政策解析：《財政部國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》規(guī)定：“納稅人轉讓舊房及建筑物時因計算納稅的需要而對房地產(chǎn)進行評估，其支付的評估費用允許在計算增值額時予以扣除，對條例第九條規(guī)定的納稅人隱瞞、虛報房地產(chǎn)成交價格等情形而按房地產(chǎn)評估價格計算征收土地增值稅所發(fā)生的評估費用，不允許在計算土地增值稅時予以扣除�！�
三、利息支出扣除常見錯誤做法：
將利息支出一律計入扣除項目。
【正確做法】：視情況確定，分在規(guī)定范圍內(nèi)據(jù)實扣除和在10％以內(nèi)計算扣除兩種情況。
【政策解析】：政策解析：根據(jù)《中華人民共和國土地增值稅暫行條例實施細則》的規(guī)定，利息支出要分兩種情況扣除。凡能夠按轉讓房地產(chǎn)項目計算分攤并提供金融機構證明的，允許據(jù)實扣除，但最高不能超過按商業(yè)銀行同類同期貸款利率計算的金額。凡不能按轉讓房地產(chǎn)項目計算分攤利息支出或不能提供金融機構證明的，利息支出不得單獨計算，而應并入房地產(chǎn)開發(fā)費用中一并計算扣除。在這種情況下，房地產(chǎn)開發(fā)費用按取得土地使用權所支付的金額和房地產(chǎn)開發(fā)成本之和的10％以內(nèi)計算扣除，具體比例由省、自治區(qū)、直轄市人民政府規(guī)定。
四、代收費用扣除常見錯誤做法：
將代收費用一律計入扣除項目予以扣除，在加計20％扣除時，未從計算的基數(shù)中剔除。
【正確做法】：首先，確定要求代收費用的主體是否是縣級以上人民政府；其次，視情形決定是否作為扣除項目，且一律不得作為加計20％扣除計算的基數(shù)。
【政策解析】：根據(jù)《財政部 國家稅務總局關于土地增值稅-些具體問題規(guī)定的通知》的規(guī)定，對于縣級以上人民政府要求房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)在售房時代收的各項費用，可以，根據(jù)代收費用是否計入房價和是否作為轉讓收入，確定是否扣除。如果代收費用是計入房價中向購買方-并收取的，可作為轉讓房地產(chǎn)所取得的收入計稅；相應的，在計算扣除項目金額時，代收費用可以扣除，但不允許作為加計20%扣除的基數(shù)。如果代收費用未計入房價中，而是在房價之外單獨收取的，可以不作為轉讓房地產(chǎn)的收入。相應地，在計算增值額對，代收費用不允許在收入中扣除。
五、計算轉讓部分的土地面積所占比例常見錯誤做法：
許多納稅人在成片受讓土地使用權后，分期分批開發(fā)、轉讓房地產(chǎn)，在分項目清算土地增值稅時，要分別確定“取得土地使用權所支付的金額”這一扣除項目，少數(shù)納稅人往往以轉讓部分的土地面積占土地使用權證上標注的土地總面積之比計算分攤。這種做法會導致少計算扣除“取得土地使用權所支付的金額”。
【正確做法】：應以實際轉讓土地的面積占可轉讓土地總面積之比計算分攤。
【政策解析】：《國家稅務總局關于廣西土地增值稅計算問題請示的批復》（國稅困[1999]112號）規(guī)定：“在計算轉讓土地的增值額時，按實際轉讓土地的面積占可轉讓土地總面積來計算分攤”�？赊D讓土地面積，系開發(fā)土地總面積減除不能轉讓的公共設施用地面積后的剩余面積。
六、公共設施的成本費用扣除常見錯誤做法：
將小區(qū)居委會、會所、停車場（庫）、物業(yè)管理場所、居民文體娛樂場所等公共設施的成本費用一律計入扣除項目。
【正確做法】：視其產(chǎn)權或轉讓方式等情況來確定是否扣除。
【政策解析】：根據(jù)《國家稅務總局關于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關問題的通知》的規(guī)定，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)開發(fā)建造的與清算項目配套的居委會和派出所用房、會所、停車場（庫）、物業(yè)管理場所、變電站、熱力站、水廠、文體場館、學校、幼兒園、托兒所、醫(yī)院、郵電通訊等公共設施，按以下原則處理：（1）建成后產(chǎn)權屬于全體業(yè)主所有的，其成本、費用可以扣除，（2）建成后無償移交給政府、公用事業(yè)單位用于非營利性社會公共事業(yè)的，其成本、費用可以扣除；（3）建成后有償轉讓的，應計算收入，并準予扣除成本、費用。
七、將房地產(chǎn)用于對外捐贈常見錯誤做法：
認為對外捐贈是一種無償行為，因此在計算土地增值稅時，一律不計收入，不申報繳納土地增值稅。
【正確做法】：僅有兩種情況下捐贈房地產(chǎn)不繳納土地增值稅。
【政策解析】：《中華人民共和國土地增值稅暫行條例實施細則》第二條規(guī)定：“條例第二條所稱的轉讓國有土地使用權、地上的建筑物及其附著物并取得收入，是指以出售或者其他方式有償轉讓房地產(chǎn)的行為。不包括以繼承、贈與方式無償轉讓房地產(chǎn)的行為�！薄敦斦繃叶悇湛偩株P于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》對此作了進一步規(guī)定，指出細則所稱的“贈與”指如下情況：（一）房產(chǎn)所有人、土地使用權所有人將房屋產(chǎn)權、土地使用權贈與直系親屬或承擔直接贍養(yǎng)義務人的。 （二）房產(chǎn)所有人、土地使用權所有人通過中國境內(nèi)非營利的社會團體、國家機關將房屋產(chǎn)權、土地使用權贈與教育、民政和其他社會福利、公益事業(yè)的。除這兩種情況之外的捐贈行為都應計入收入繳納土地增值稅。
八、將房地產(chǎn)開發(fā)產(chǎn)品轉作固定資產(chǎn)常見錯誤做法：
一律視同銷售，確認收入，計算土地增值稅。
【正確做法】：如果產(chǎn)權未發(fā)生轉移，不征收土地增值稅。
【政策解析】：在計算企業(yè)所得稅時，根據(jù)《國家稅務總局關于房地產(chǎn)開發(fā)業(yè)務征收企業(yè)所得稅問題的通知》（國稅發(fā)[2006] 31號）的規(guī)定，開發(fā)企業(yè)將開發(fā)產(chǎn)品轉作固定資產(chǎn)或用于捐贈、贊助、職工福利、獎勵、對外投資、分配給股東或投資人、抵償債務、換取其他企事業(yè)單位和個人的非貨幣性資產(chǎn)等行為，都應視同銷售，計算繳納企業(yè)所得稅。
在計算土地增值稅時，根據(jù)《國家稅務總局關于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關問題的通知》的規(guī)定，分為非直接銷售和自用兩種情況：如果房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)將開發(fā)產(chǎn)品用于職工福利、獎勵、對外投資、分配給股東或投資人、抵償債務、換取其他單位和個人的非貨幣性資產(chǎn)等，發(fā)生所有權轉移時應視同銷售房地產(chǎn)。如果將開發(fā)的部分房地產(chǎn)轉為企業(yè)自用或用于出租等商業(yè)用途時，產(chǎn)權未發(fā)生轉移，則不征收土地增值稅，在稅款清算時不列收入，不扣除相應的成本和費用。
九、進行房地產(chǎn)的交換常見錯誤做法：
交換雙方都不確認收入，不繳納土地增值稅。
【正確做法】：交換雙方都應作為一種實物收入，申報繳納土地增值稅。
【政策解析】：根據(jù)《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》的規(guī)定，納稅人轉讓房地產(chǎn)所取得的收入，包括貨幣收入、實物收入和其他收入。通過房地產(chǎn)交換，交換雙方都取得房產(chǎn)這一實物形態(tài)的收入，應屬于土地增值稅的征稅范圍。值得注意的是，根據(jù)《財政部國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》的規(guī)定，對個人之間互換自有居住用房地產(chǎn)的，經(jīng)當?shù)囟悇諜C關核實，可以免征土增值稅。
十、以房地產(chǎn)作價入股進行投資或聯(lián)營常見錯誤做法：
一律不繳納土地增值稅。
【正確做法】：所投資、聯(lián)營的企業(yè)從事房地產(chǎn)開發(fā)的，或者房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)以其建造的商品房進行投資和聯(lián)營的，應繳納土地增值稅。
【政策解析】：《財政部國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》規(guī)定：“對于以房地產(chǎn)進行投資、聯(lián)營的，投資、聯(lián)營的一方以土地（房地產(chǎn)）作價入股進行投資或作為聯(lián)營條件，將房地產(chǎn)轉讓到所投資、聯(lián)營的企業(yè)中時，暫免征收土地增值稅。對投資、聯(lián)營企業(yè)將上述房地產(chǎn)再轉讓的，應征收土地增值稅�！�2006年，《財政部國家稅務總局關于土地增值稅若干問題的通知》（財稅[2006] 21號）中對這一條款作了補充規(guī)定，對于以土地（房地產(chǎn)）作價入股進行投資或聯(lián)營的，凡所投資、聯(lián)營的企業(yè)從事房地產(chǎn)開發(fā)的，或者房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)以其建造的商品房進行投資和聯(lián)營的，均不適用《財政部國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》第一條暫免征收土地增值稅的規(guī)定。