（1）扣繳義務人確定問題

對遠洋船員與勞務公司簽訂用工合同，船員的工資由勞務公司和船東分別支付的情形，勞務公司和船東應分別就支付金額代扣代繳個人所得稅，遠洋船員應將兩處取得的工資薪金所得進行合并，自行申報個人所得稅。

（2）附加減除費用適用問題

根據《國務院關于修改〈中華人民共和國個人所得稅法實施條例〉的決定》(中華人民共和國國務院令第600號)文件規(guī)定：“國務院決定對《中華人民共和國個人所得稅法實施條例》作如下修改：二、第二十七條修改為：“稅法第六條第三款所說的附加減除費用，是指每月在減除3500元費用的基礎上，再減除本條例第二十九條規(guī)定數(shù)額的費用。”三、第二十九條修改為：“稅法第六條第三款所說的附加減除費用標準為1300元。”

（3）特殊行業(yè)計稅辦法適用問題

根據《中華人民共和國個人所得稅法》第九條第二款及其《實施條例》第四十條，遠洋運輸業(yè)、遠洋捕撈業(yè)等特定行業(yè)人員的工資薪金所得應納的稅款，可以實行按年計算、分月預繳的方式計征。