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當公司承擔員工的個人所得稅時，需要進行以下會計處理：
1. 在財務會計賬戶中，將個人所得稅的支出計入“工資薪金”費用科目下的“個人所得稅”子目中，相應地減少“應付工資”科目下的“工資薪金”子目。
2. 在稅務會計賬戶中，將個人所得稅的支出計入“應交稅費”科目下的“個人所得稅”子目中。

需要注意的是，公司承擔個人所得稅的情況下，需要在員工的工資條上注明扣除的個人所得稅金額，并由公司承擔。同時，公司在納稅申報時也需要將這部分支出列入扣除項目中，以減少應納稅所得額。