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提單上是另外一家公司抬頭對出口退稅是有影響的，但并不會影響退稅申請和審批的過程，只是會增加相關文件審核的難度，因為出口退稅是指出口企業(yè)通過申請，向海關申請退稅的流程，而出口企業(yè)的名稱是特定的，與提單上的抬頭企業(yè)不一致，可能會讓海關稽查人員產生疑慮，所以，在出口貨物和公司拼箱出去的時候，如果可以的話，盡量確保提單上的抬頭與出口企業(yè)名稱一致，這樣可以提升出口退稅審批的效率。另外，在申請退稅的流程中，建議出口企業(yè)也需要按照實際情況填寫相關墊款申請表格，讓支付機構知曉貨物是出口企業(yè)的。