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小規(guī)模納稅人專用發(fā)票10萬元，普通發(fā)票開40萬免稅，那么計算增值稅和城建稅附加稅如下： 1、計算增值稅：首先對小規(guī)模納稅人，增值稅從實際應繳納金額中扣除40000元免稅額后，實際應繳納金額為10萬元，根據稅務機關規(guī)定，小規(guī)模納稅人繳納增值稅稅率為3%，實際應繳納3000元。 2、計算城建稅附加稅：城建稅附加稅根據發(fā)票的應稅金額來計算，對于小規(guī)模納稅人，城建稅附加稅稅率為3%，總共需要繳納3000元。 綜上所述，小規(guī)模納稅人專用發(fā)票開了10萬元不含稅，普票開了4萬免稅，繳納3000元增值稅，城建稅附加稅需要繳納3000元。 拓展知識：專用發(fā)票、普通發(fā)票開票金額總額不得超過50萬元，小規(guī)模納稅人可享受不超過4萬元的免稅額。關于增值稅，小規(guī)模納稅人按3%稅率計算；城建稅附加稅按3%稅率計算。