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如果已抵扣的進項發(fā)票丟失，就需要按照稅收法規(guī)的要求辦理完全補扣稅款。首先，申報人或者代理人應當就抵扣稅款處理情況及時向稅務機關(guān)報告并書面確認，然后依據(jù)稅收法規(guī)的要求，重新報送抵扣申請表、重新審核抵扣資料、重新報送抵扣申請稅收憑證、重新報送進項發(fā)票（若重新獲得）等。最后，應由稅務機關(guān)審核審批才能正式完成補扣稅款。 一般而言，購貨方在補扣稅款的過程中，要嚴格按照稅務機關(guān)規(guī)定的程序進行操作，并配備與發(fā)票補扣有關(guān)的資料。有效的建立抵扣系統(tǒng)可以有效防止發(fā)票丟失，降低后期補扣稅款繁瑣環(huán)節(jié)，減輕稅務機關(guān)和申報人的負擔。