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新的事業(yè)單位財務(wù)規(guī)則變化主要體現(xiàn)在三個方面：一是財政投入原則上更加精細化，總量保持不變，但將投入更多的資金用于創(chuàng)新性技術(shù)和經(jīng)濟活動。二是收入分配標準發(fā)生改變，實行以市場機制為基礎(chǔ)的收入分配，以實現(xiàn)實體經(jīng)濟的科學發(fā)展。第三，稅收一體化配套政策也發(fā)生變化，增強了財政支出的動力。比如，在稅收優(yōu)惠政策上，新的事業(yè)單位財務(wù)規(guī)則指出，若企業(yè)做出科技創(chuàng)新、帶動就業(yè)甚至減少污染環(huán)境等貢獻，則可以對其征收稅費更優(yōu)惠的條件。