1、一般納稅人與小規(guī)模納稅人同時(shí)并存。即一個(gè)企業(yè)辦理兩個(gè)營(yíng)業(yè)執(zhí)照和稅務(wù)登記證，一個(gè)為增值稅一般納稅人，一個(gè)為小規(guī)模納稅人。在同一生產(chǎn)場(chǎng)地生產(chǎn)同一產(chǎn)品，一套生產(chǎn)、管理人員，同一法定代表人（或直系親屬掛名），同時(shí)對(duì)外銷(xiāo)售產(chǎn)品。購(gòu)貨單位需要增值稅專(zhuān)用發(fā)票時(shí)就納入一般納稅人進(jìn)行開(kāi)票核算申報(bào)納稅，若需要普通發(fā)票或不需要發(fā)票就劃入小規(guī)模納稅人到門(mén)市開(kāi)具或定期定額劃卡管理。這種情況大多出現(xiàn)在稅負(fù)高、兼營(yíng)加工修理勞務(wù)的企業(yè)居多。
2、征稅企業(yè)與享受稅收優(yōu)惠（如民政福利）企業(yè)同時(shí)并存。一個(gè)為正常納稅企業(yè)，一個(gè)為享受“先征后返、即征即退”稅收優(yōu)惠政策的企業(yè)，同一廠區(qū)兩塊牌子，一套“人馬”，有的還是生產(chǎn)同樣的產(chǎn)品。表面上是分別核算，實(shí)際上“料、工、費(fèi)”根本無(wú)法劃分，造成了正常納稅企業(yè)稅負(fù)低，利潤(rùn)少，而享受優(yōu)惠政策的企業(yè)則反之。
3、生產(chǎn)企業(yè)（一般納稅人）與零售企業(yè)同時(shí)并存。特別是日常生活消費(fèi)品生產(chǎn)、加工企業(yè)，自己有生產(chǎn)場(chǎng)地、設(shè)備并正常生產(chǎn)、加工產(chǎn)品，在臨街或在專(zhuān)業(yè)市場(chǎng)又設(shè)門(mén)市零售。生產(chǎn)企業(yè)按開(kāi)票申報(bào)繳稅，門(mén)市則按4%或定期定額劃卡征收，造成了生產(chǎn)企業(yè)稅負(fù)低的假象。
4、新企業(yè)與老企業(yè)同時(shí)并存。有的企業(yè)為回避清理欠稅或怕潛在的偷稅問(wèn)題今后被發(fā)現(xiàn)，或乘企業(yè)改制的機(jī)會(huì)，則在原有企業(yè)的基礎(chǔ)上重新辦理工商登記，經(jīng)營(yíng)地址沒(méi)有變化、資產(chǎn)沒(méi)有變化（有的是新的租賃老的）、產(chǎn)品沒(méi)有變化，所不同的是原先的欠稅則掛在了老企業(yè)的名下，“名正言順”地把欠稅掛在一邊。
5、本地經(jīng)營(yíng)與外地經(jīng)營(yíng)同時(shí)并存。有的商業(yè)企業(yè)在本市為增值稅一般納稅人，為某商品品牌的地區(qū)總代理（經(jīng)銷(xiāo)），在其他縣市還設(shè)有多個(gè)銷(xiāo)售點(diǎn)，多數(shù)為小規(guī)模納稅人。增值稅一般納稅人企業(yè)購(gòu)進(jìn)商品時(shí)沒(méi)有明細(xì)，亦沒(méi)有清單，專(zhuān)用發(fā)票上的數(shù)量只是注明貨物一批，稅負(fù)奇低，毛利根本連房租都支付不起。
6、內(nèi)資企業(yè)與外資企業(yè)同時(shí)并存。一個(gè)經(jīng)營(yíng)地址兩塊招牌，一個(gè)內(nèi)資，一個(gè)外資。而內(nèi)外資企業(yè)一般都不是同一稅務(wù)分局進(jìn)行稅收管理，且征管的政策、手段、方法不盡相同，加之再缺乏必要的聯(lián)系制度，造成了哪邊對(duì)企業(yè)有利就往哪邊歪，兩企業(yè)稅負(fù)懸殊，內(nèi)資企業(yè)連年虧損，外資企業(yè)則享受相關(guān)優(yōu)惠政策。
以上存在的六個(gè)方面問(wèn)題雖不是普遍現(xiàn)象，但在新的征管模式下應(yīng)引起我們足夠的重視。在平時(shí)的征管中，我們對(duì)出現(xiàn)的這些新情況、新問(wèn)題應(yīng)及時(shí)加強(qiáng)管理，并不斷探索，從而找出稅收管理工作中存在的薄弱環(huán)節(jié)，采取切實(shí)有效的征管措施，真正達(dá)到稅收科學(xué)化、精細(xì)化管理的目的。
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