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是的，在申報附加稅的時候，留抵退稅退的增值稅可以在計稅依據(jù)幾中扣除。這是因為，根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》和《中華人民共和國企業(yè)所得稅暫行條例》的規(guī)定，企業(yè)留存的增值稅可以按照銷售額的比例扣除。具體來說，企業(yè)在上一個月內(nèi)產(chǎn)生的增值稅，其中經(jīng)過抵扣退稅的，可以在下一個月申報附加稅的時候在計稅依據(jù)幾中扣除，以減免納稅義務(wù)。 拓展知識：企業(yè)留存的增值稅可以按照月度稅率減免銷售額，減免以后的銷售額即為減除后的稅率，由此可以得出納稅基數(shù)，然后再按照企業(yè)所得稅的稅率進行納稅。